故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

铁时空的大战仍未止息，为了保护雷婷，大东委托东城卫首席战斗团团长修带着她先行回到金时空，自己与夏天并肩作战对抗魔界大军，雷婷万般不舍地离开大东。没想到修和雷婷在回金时空的路上却意外遇伏击分散，雷婷失踪！ 而此时终极一班群龙无首，辜战与止戈两兄弟为了当老大展开比武对决。修找到了终极一班，雷婷失踪引发了轩然大波，经过众人努力终于找到雷婷，让她重回老大位置。却发现她性情大变，原来这一切都是一场骗局……

现在的大仁高中篮球队，属于HBA的中段班球队，每年总在十二强止步。教练张百胜要求绝对服从，他相信只有在高压的环境下，才能逼出球员的潜能。HBA十六强赛的最后晋级关键，队长柯威震却因右脚旧伤影响下表现不稳定，新生詹智凯自告奋勇出头，场上的狂妄自大，两人紧张关系一触即发。人称“教练鬼见愁”的篮球记者林佳璐，热衷钻研篮球战术，对篮球教练评论辛辣，是篮球界避之唯恐不及的记者。大仁高中校长却亲自登门，希望佳璐能成为大仁高中的新任教练，毫无执教经历、球技不怎么好的林佳璐，居然要顶替张百胜，带领如同一盘散沙的大仁高中篮球队，找回自己青春时期那份纯粹、毫无保留的勇气。