故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

本剧讲述了大东奉盟主之令护送刘备回铁时空，但在过程中发生时空共震，被剧烈冲击力撞击的大东，睁开眼睛，发现自己竟然躺在女子更衣室的椅子上。从金宝三口中得知自己已消失了十年，而在此期间父母以及亚瑟和小雨为寻找自己而下落不明……

这年秋天，从未想过会一个人生活的方佳莹和交往三年的男友杨大和分手了。方佳莹借工作麻痹自己，在一场以出差为名的疗伤之旅中，她邂逅了一个在她认知里的怪胎丁志明。丁志明从没见过亲生父亲，母亲再婚后将他留给了舅舅，成年后丁志明背起背包到国外流浪。丁志明的生存之道。不知不觉被那个前来专访的方佳莹破坏殆尽。丁志明在与母亲重逢、修复情感的过程中，正视了本来的自己。方佳莹则在接受了某个追求者的告白之后，才惊觉自己根本一直以来都是孤身一人，这件事从未变过。

司徒乾想要跟陈琳求婚，特地准备了婚戒，对求婚势在必得，结果一不小心却把婚戒抛飞进了柯博文的西装口袋里，为了拿回重要的婚戒，司徒乾追柯博文而去，差一点丢了性命，原来柯博文是想要自杀寻死，而这一场小意外让司徒乾和柯博文有了一面之缘。司徒乾知道自己是个幽灵人口的事实，根本无法带给陈琳幸福，他需要一个身份才能跟陈琳结婚。司徒乾决定要拥有一个新的身份，想到了想自杀的柯博文。癌症晚期的柯博文得知司徒乾想要自己的身份，就怂恿司徒乾来杀自己，司徒乾只好答应，他没有杀过人，因此他找上了金牌杀手来杀死柯博文，在等待被杀的过程中，意外地发现几人早已经卷入到了暗花阁的行动之中。

这年秋天，从未想过会一个人生活的方佳莹和交往三年的男友杨大和分手。佳莹借工作麻痹自己，在一场以出差为名的疗伤之旅中，她邂逅了一个独立怪癖的男人——丁志明。丁志明从未见过亲生父亲，母亲将他留给舅舅之后选择与有钱人再婚。成年之后，志明背起背包到国外流浪，直到三年多前才返回台湾，并去到一间与都市有段距离的有机农场工作。志明独来独往的生存之道，在不知不觉之中被前来专访的方佳莹破坏。抗拒“两个人”的志明在与母亲重逢、修复感情的过程中，正视了本来的自己，而佳莹也在慢慢接受失恋的同时，逐渐学会适应“一个人”的生活，并从中找到了自己的想要的生活。