在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。 另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。一场围绕‘拉普拉斯之盒’的战争开始了。该段历史也被称为拉普拉斯之乱。拉普拉斯之盒内藏足以颠覆地球联邦的终极秘密，是毕斯特财团的发家之源。

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。