江户时代末期（本作的20年前），被称为天人（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。

故事发生在日本的江户时代。风是一个小酒馆的打工女。一日，酒馆里来了一群恶霸，虽然他们的举动令风十分不满，但是毕竟风只是一届女流，无法对他们采取什么行动，只能在心里嘟哝。这时，酒家里又进来了个“不良份子”无幻，说以50个饭团帮她搞定这群人，风觉得他莫名其妙，也就没多搭理他。而在这时，风因为一个意外而将茶水泼在了恶霸头领——龙次郎身上。愤怒的恶霸们欲将风的手指砍掉，风在无奈中大喊道：“饭团100个！”…… 　　另一方面，龙次郎的父亲也就是当地的代官，依仗自己有着雄厚的保镖，在当地欺压穷人，当看到一穷人无法交齐足够的钱过桥时，欲下令将其杀死，武士仁看不惯这一幕，于是走上前，与代官的保镖交手了…… 　　酒馆内，因为风答应给无幻100个团子，无幻将恶霸们打败了，就在这时，仁进来了。好战的无幻立刻向仁发了战书，最后两败俱伤，被代官抓入牢房，预计第二天斩首…… 　　得知该状况的风，为报救命之恩，来到了刑场，利用烟花救出了无幻和仁。而风则以救命恩人的身份，命令二人和她一起去寻找带着向日葵香味的武士……

故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。