- 某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。 第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……
- 真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一,《名侦探柯南:绯色的不在场证明》以他为中心展开,揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性,以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中,赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后,安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后,赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后,都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家,该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。
- 故事发生在东京八丈岛近海,这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前,为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时,一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中。另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一 配音)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。