十年前突然出现在东京的不可侵领域地狱门。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失了梦想与冲动，并要为能力而付出代价。围绕“门”的谜团，各国谍报机关和契约者们在东京悄悄展开了殊死的利益争夺。整个故事围绕被称为“黑”，梅西耶代号“BK-201”的契约者和他身边的人们的命运而铺展开来。

故事讲述了死神武器职人专业学院，简称“死武专”，学院里的学生分为“工匠”和“武器”，而他们的目的是收集“99个偏离人类轨道已形成‘鬼神之卵’”和“1个魔女的灵魂”，当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级成为死神专用武器Death Scythe

时间是设定距今（动画制作的年份--公元1999年）50 亿年后的地球，地表和海的比例与现在逆转，成为 7：3 ，地球表面大部分都是荒野和沙漠。在巨大、炙热的太阳肆虐下，大地一片干旱，几乎没有任何生物的迹象。只有人类在一望无垠的沙漠中一角筑城，争夺贫瘠的土地。打着圣战之名，侵略许多国家、享尽繁华的「要塞海利嵨」， 曾靠着强大的战力征服了一半的世界，却因为突然失去了「水」而停止移动。 于是势力衰败的海利邬反而受到曾经被它平定的国家侵略。因此海利嵨的统治者哈姆特，强行抓走邻近村庄的少年， 将他们训练为战士，以防御海利邬。

拥有超人的绘画天分的浩树，却因故无法再次执起画笔，只能委身于某所大学，担任美术课的顾问。受男主角指导走向绘画之路的女主角艾莉丝，却因目睹双亲车祸身亡的现场，而在作画中无法使用红色。青梅竹马的女孩雾，在高中时代告白时，却遭到男主角的拒绝，现在她又重新闯入了男主角的生活。偶然的再会……三人之间，会发生什么？爱的前路，会走向哪里？

天生拥有一头如红苹果般美丽发色的少女，白雪，拒绝成为恶名昭彰的拉冀王子的爱妾，困扰的她剪下她那一撮红发后离家出走，在逃跑到邻国克拉利涅斯的森林时，在那里的木屋遇到了刚偷偷出城玩克拉利涅斯王国的第二王子千，以及他的随从光秀和木木。而后在与千成了朋友并知道了他的真实身分后，自己决定在克拉利涅斯王国留下来，并决心以自己的力量来成为千的助力......