时间是设定距今（动画制作的年份--公元1999年）50 亿年后的地球，地表和海的比例与现在逆转，成为 7：3 ，地球表面大部分都是荒野和沙漠。在巨大、炙热的太阳肆虐下，大地一片干旱，几乎没有任何生物的迹象。只有人类在一望无垠的沙漠中一角筑城，争夺贫瘠的土地。打着圣战之名，侵略许多国家、享尽繁华的「要塞海利嵨」， 曾靠着强大的战力征服了一半的世界，却因为突然失去了「水」而停止移动。 于是势力衰败的海利邬反而受到曾经被它平定的国家侵略。因此海利嵨的统治者哈姆特，强行抓走邻近村庄的少年， 将他们训练为战士，以防御海利邬。

东京铁塔上，三个不相识的女孩在一道强光下，突然掉在半空中。名为古列夫的魔导师告诉女孩们说，只有成为魔法骑士拯救锡菲罗，她们才能回到原来的世界。锡菲罗是个是一个充满意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。锡菲罗的世界架于一个所谓“支柱”结构上，在支柱“艾美诺公主”祈祷下，世界一片祥和。她们在任务之中遇到了相当多的敌人和磨难，也使她们三人的感情越来越好。

人们以人类女性为参照制造了机械人偶,住在日本国的间宫小樽由于机缘巧合唤醒了三位带有少女回路的机械女神莱姆、樱桃和红莓,在他的关爱下,三位人偶的少女回路不断成长,而小樽也逐渐了解到三人身上所带的少女回路的真正含义.

《星界的战旗》则是叙述在两人回到帝国首都史克拉法尔并各自接受军校训练毕业后再次并肩作战，乘坐星界军突击舰“巴斯洛伊尔”进行作战行动

帝国军经亚布迪克门冲战一役，歼灭了统合体军的主要战力，幻炎作战更替为打扫残敌和开辟领土的狩人作战，拉菲尔和津特，因为贵族的身份，被派到某颗行星上暂代领主一职，而这颗行星竟是统合体用作监狱之用，上面的监狱管理人员和囚犯门派林立，危机看似一触即发... 本片是《星界的纹章》续作，剧情取自小说《星界的战旗》第一部和第二部。 这段剧情是现今全部星界小说的高潮部分，大