从小便能看见妖怪的少年夏目贵志，自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从、并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。

时间是设定距今（动画制作的年份--公元1999年）50 亿年后的地球，地表和海的比例与现在逆转，成为 7：3 ，地球表面大部分都是荒野和沙漠。在巨大、炙热的太阳肆虐下，大地一片干旱，几乎没有任何生物的迹象。只有人类在一望无垠的沙漠中一角筑城，争夺贫瘠的土地。打着圣战之名，侵略许多国家、享尽繁华的「要塞海利嵨」， 曾靠着强大的战力征服了一半的世界，却因为突然失去了「水」而停止移动。 于是势力衰败的海利邬反而受到曾经被它平定的国家侵略。因此海利嵨的统治者哈姆特，强行抓走邻近村庄的少年， 将他们训练为战士，以防御海利邬。

以超新星为代表的众多海贼纷纷现身世界最大的海贼庆典——海贼万博会。草帽一伙也收到了主办者费斯塔的邀请函，搭乘万里阳光号前往。原以为海贼们的狂热万博会只是为争夺“海贼王哥尔·D·罗杰留下的宝藏”，就在神秘宝藏争夺战如火如荼之际，阻挡在路飞等人面前的可怕威胁道格拉斯·巴雷特突然现身！暗藏阴谋的敌我混战一触即发……

CLAMP学园是由妹之山财团所投资设立如城市般的学园。妹之山财团理事长最年幼的儿子妹之山残为小学部学生会会长，他为了守护全世界的女性以及帮助同学解决他们的烦恼，而带领着小学部学生会内优秀的少年干部：鹰川苏芳和伊集院，成立了“CLAMP学园侦探团”

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个。