很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现了。

小智和同伴们被卷进了时空漩涡，等他们回过神来，发现来到了一个奇怪的地方。四周的建筑物都是倒着的，空中乌云密布。这时，冥王龙突然出现，并向具有特殊能力的非攻击性精灵雪米发起了攻击。小智他们正准备迎战，有人出言阻止了他们。这是一个名叫无限的学者，他告诉大家，这里是“逆向世界”，不可以随便触怒冥王龙。在无限的帮助下，小智他们终于又回到了正常的现实世界，可他们不知道的是，野心勃勃的年轻人零，准备利用冥王龙的力量支配世界。