在时间列车停靠的站台，有乘客的车票被盗了。犯人将警务员打倒后，想要逃离现场。碰巧良太郎正好在站台，他变身成电王与犯人进行了激烈的战斗。没想到犯人其实是异魔神！异魔神拼死抵抗，良太郎和桃塔罗斯完全不是他的对手，战斗结束后他们都身负重伤。于是良太郎找来了新的帮手——幸太郎与他的搭档泰迪，解决此次的案件。另一边，名为美来的少女在路上见到了另一个自己，幸太郎在调查这一奇怪事件，谁知时间列车电王号的车长突然宣布，幸太郎和老搭档泰迪的契约已经到期。泰迪无奈，只能离开了幸太郎。其实泰迪的真实身份，也是与各种各样的人类签订契约，负责辅佐人类的劳务派遣异魔神。失去了契约异魔神的幸太郎不得不和良太郎的搭档——金塔罗斯和浦塔罗斯合体。但因为彼此不熟悉，他们在战斗时吃了不少苦。找到了新契约者的泰迪也一直担心着幸太郎……美来面前出现的另一个自己究竟是谁？幸太郎和泰迪又将何去何从？只有失去了才知道珍惜，但一切是否可以挽回呢？

在《假面骑士帝骑》中出现的假面骑士终骑的变身者海东大树，他是穿梭于不同的世界中，偷取宝物的假面骑士。这一次，海东大树为了寻找宝物，来到了假面骑士电王所在的世界。然而这里却发生了一场众人都没想到的意外——海东大树被邪恶的异魔神附身，被附身的海东大树性情大变，下狠手攻击良太郎等人。海东大树的愿望竟然就是见到良太郎，愿望达成后，异魔神逃窜到了过去。众人虽然感到不解，但还没来得及细想，便火速赶往过去打败异魔神。一番战斗后异魔神的威胁消除了，但没想到这都是海东大树为了夺走时间列车电王号而设下的陷阱！这让良太郎等人不知所措，好不容易追上了海东大树，但突然又冒出了第三方势力——时间警察！局势变得混乱起来，海东夺取电王号的真正目的究竟是什么……

野上爱理和野上良太郎两姐弟正在准备重新开咖啡店——牛奶北斗。此时，桃塔罗斯突然出现在了良太郎的面前。因为遭到了异魔神的入侵，时间列车电王号出现了失控的情况。与此同时，外出采购食材的爱理被两个小混混缠上了。千钧一发之时，桃塔罗斯附身了良太郎，及时赶去救下了爱理。良太郎与桃塔罗斯从小混混的口中得知，有人刻意指使他们来袭击爱理。大家环顾四周，意外地发现了樱井侑斗的身影……爱理回到店里准备开业，又出现了几个恶棍冲进店里闹事，但这一次阻止了恶棍们的人，居然是侑斗。为什么侑斗会及时出现帮爱理？盯上爱理的幕后黑手到底是谁？时间列车电王号仍在失控乱窜，爱理也遭到了异魔神的攻击，可以说是一波未平一波又起。为了守护家人，守护时间，侑斗与良太郎一起追查真相，直面一个又一个危机。

与异魔神作战的假面骑士欧兹遇到了乘坐时间列车电王号来到现代的新电王。异魔神逃往了1971年11月11日，幸太郎和泰迪追了过去，映司和安库也一同上了列车。在过去的时空里，幸太郎变身成新电王打倒了异魔神，然而谁都没有察觉到安库不小心弄丢了一枚细胞硬币。映司一行人回到了2011年4月1日，发现日本已经被邪恶集团修卡给统治了，而且修卡最强的改造人竟然是假面骑士1号和2号。原来历史会发生改变正是由于那枚丢失的硬币。修卡的科学家用核心硬币造出了修卡硬币，修卡硬币吸收了安库丢失的细胞硬币后，诞生出了强大的修卡贪欲者，他打败了假面骑士1号和2号，并给1号和2号洗脑，此后再无新的正义假面骑士出现。为了修复历史，消灭邪恶力量，时间列车再度驶往过去，映司则单独留在现代与怪人们作战，他们将一同保护假面骑士的历史。

《剧场版 再见了假面骑士电王 最后的倒计时》为《假面骑士电王》的剧场版，2008年上映，故事描绘了假面骑士电王的最后一场战斗。桃塔罗斯一行人结束了与异魔神们的战斗，终于过上了悠闲的生活。但最近，街头巷尾盛传，出现了一辆神秘的幽灵列车。叶奈与桃塔罗斯等4位异魔神一起出发寻找，却遇上了遭到绑架的良太郎。在敌人凌厉的攻势下，前来帮忙的侑斗身受重伤。这时，新一任假面骑士电王搭乘着崭新的时空列车前来力挽狂澜！混战中，桃塔罗斯找到了机会和良太郎对话。于是，以良太郎所言——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行人坐上时间列车，驶向300年前的过去……究竟是谁绑架了良太郎又迫使他变身？又是谁在暗中策划扭转生死、篡改历史的阴谋？面对可怕的新敌人，良太郎与幸太郎携手，展开了最后的战斗。