江户时代末期（本作的20年前），被称为天人（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。

这是一个发生在19世纪（维多利亚时代）英格兰的浪漫幻想故事。主角莉迪雅是位可以看见妖精并与他们沟通的妖精博士，她的朋友是一只有点任性的妖精猫尼可。为了与父亲见面，莉迪雅搭上了开往伦敦的船，在船上遇到了自称为爱德格的男子，他宣称自己是传说中的青骑士伯爵，并委托莉迪雅协助找寻可以证明自己身份的宝剑，尽管他的形迹可疑，莉迪雅还是与他签订契约。另一方面，街头巷尾流传着一件极为凶恶的强盗事件，犯人的特征与爱德格非常相似。还有对爱德格誓言忠诚，为了他就算杀人也无妨的追随者雷温……虽然爱德格浑身散发出可疑怪异，但相反的他的举止却带着真正的贵族气质，老好人的莉迪雅也不由自主地相信了他的话。所以尽管和诱拐没什么差别，莉迪雅却仍然接受了爱德格的邀请，导致自己卷入了围绕宝剑引起的纷争中去。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。

其内容主要描写中国四川省的年轻厨师刘昴星(“昴”念mǎo)（注意：非刘“昂”星，“昂”是台湾引进漫画时的错误翻译，证据请见参考资料中的动画截图）学习厨艺，到广州阳泉酒家修行，获得特级厨师（漫画中虚构的中国料理界的最高地位）资格，结交许多对于厨艺有志一同的朋友，及最后与“黑暗料理界”对抗过程的冒险漫画。