故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。

在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹篇”）

2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。 　　这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。 　　《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》 　　替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。 　　由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。 　　这个杀手级内容，被叫做《Ordinal Scale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMO RPG。 　　亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

在恋爱模拟游戏的世界中被称为“攻陷之神”的少年桂木桂马，意外地与来自冥界的恶魔少女艾鲁西结成了地狱的契约，为了捕获躲藏在女性的心灵空隙间的“驱魂”而开始攻略现实世界的女性。动画第3季的剧情主线是从原作漫画第7卷开始的长篇故事“女神篇”。

就读于舞岛学园高中部的桂木桂马是个喜欢恋爱养成游戏（Galgame）的高中生。曾经成功攻略过10000名女生（游戏中），有着能够攻略任何类型女性（仅限二次元）的能力，是拥有一切galgame攻略的网站“落とし神”的管理者，以高超的技术被广大机友尊称为「落とし神」（攻略之神、攻陷之神）。 某日，一名少女从天而降来到他的面前。这名少女名叫艾露西，从地狱远道而来的她委托桂马为她捕获“驱魂”(駆け魂)的协力者。方法是使被附身的人类恋爱，填补她的心灵缝隙，从而把因在心里无处容身而逃出来的驱魂捕获。对现实生活中的女孩退避三舍的桂马自然毫不犹豫的拒绝了艾露西的要求，但是由于和艾鲁西结成的契约危及生命，所以他不得不心不甘情不愿的承诺帮忙。于是，GAL界的“攻略之神”桂木桂马终于以三次元世界的女生发动了攻略