因为父母双亡而艰难寄居在亲戚家的稻叶夕士，升入高中后决心独自生活。稻叶夕士找到了价格非常便宜的公寓“寿庄”。但是，那里是聚集了妖怪・幽灵・人类的“妖怪公寓”──!!稻叶夕士并不习惯去面对有着令人恐惧的身姿的妖怪们以及富有个性的怪人们，但是在与他们奇妙的共同生活中，稻叶夕士逐渐敞开了紧闭的心扉…

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可”。不存在“学级裁判”这一规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。

我闻悠太是高中2年学生。他运营着以一夜致富为目标的超自然汇总系营销博客“轻轻松松破假象”，为了将世上存在的多数超常现象以科学的解释来“干净利落地砍掉”，而日夜挑战着超自然现象。然而，以他的博客为契机，彻底、狂热、古怪的同志们全都集结到一起了。 本来不应相遇的他们的命运不可思议地交错起来。之后，他们的周围开始产生一些小小的“违和感”。它们逐渐化作巨大的波澜，并发展成为超乎想象的大事件。

以袭击情报屋的凶刃为余波，新的骚动产生了下去。从“Dollars”和“蓝色平方”得到力量的两名少年，怀抱着理想在肃清的道路上前进着。抢救好友的挣扎者，逼近偶像的狂气分子，在街道背面暗中展开活动的新势力——。众多的事件与意图相互缠绕，故事进一步向混沌加速——！

满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击，柯南方才明白这次的对手将是鲁邦三世。鲁邦之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦预告函的目暮警部等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一警部，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦则在宝石顺利得手后，听从峰不二子的要求，将宝石交给了神秘男子阿朗·斯密斯。他的目的到底是什么？与此同时，来到日本的还有超人气海外偶像——艾米里翁·瓦力迪。但他却收到了死亡恐吓信，要求终止艾米里翁在日本的演唱会，否则就会丧命。因此艾米里翁和其经纪人克劳迪娅·贝尔琪求助于毛利小五郎。对超人气偶像的恐吓，幻之秘宝的盗窃事件，柯南认为这两个事件都与鲁邦三世有关。走投无路的危机在逼近柯南等人。该信任谁，又该怀疑谁？逼近身边的神秘巨大组织，鲁邦真正的目标又是什么？而柯南又能阻止这个计划吗？