故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

嘉靖年间，首辅夏言遭人陷害罢官。其子锦衣卫夏鹏在调查此案件过程中，被卷入了一个波云诡谲的阴谋，妖异的男子，凶狠的海盗，操纵人心的木偶等等对手接踵而至，他却没想到案件最后的真相更让他陷入两难的境地。本片通过讲述锦衣卫夏鹏、陆程、杨成万三兄弟因一桩离奇的绸商谋杀案，逐步发现了围绕“天下第一绣女”林荷、牵涉外国海盗、大臣皇后等多方势力的刺杀皇帝的惊天阴谋；三人最终为保护嘉靖和林荷，与神秘高手及其神秘兵器“爱别离”拼死决战，险中求胜。

本系列改编自同名IP，故事主要讲述了：陆绎和张承德都是锦衣校尉，在探查将军李汉暗通敌军的案件时，张承德竟得知养父即杀父仇人，引发养父子三人的恩仇对决；而后兄弟二人在所有真相大白后，却最终站到你死我活的决斗场。通过细致展现锦衣卫兄弟面对复杂身世的痛苦挣扎和恩仇两难，深情赞扬了兄弟二人浴血杀敌的英勇豪情，及生死对决时甘为对方牺牲的手足情深，表达了邪不压正、正义必胜的正能量。