舞台是人类即将灭亡的2050年的东京。极少数作为剩余的人类生存着的春日5人兄弟，回到科尔基斯星人开始侵略地球前的过去，实行抹杀科尔基斯星人的计划。将巨大机器人、宇宙人探测玻璃瓶、通灵能力、强化战斗服“Silver”得到手，并前往2015年。然后，他们与机器人工学者红健一郎接触，委托制作巨大机器人“红巴隆”。而且健一郎的弟弟，血气方刚的拳击手红健，作为红巴隆的操纵者，卷入掌握地球存亡关键的壮绝战斗之中。

求职中的中村美忧遇见了前男友今井结弦。学生时代，二人偶然在同一天转到中学，并且发现了两人是同一天生日。感到了不一般的命运安排，美忧顺势告白。然而结弦却因为青梅竹若菜的存在而动摇，随即美忧结束二人的关系。2年后，命运般的吸引使得二人再次重逢，却没能走下去。事实上，结弦一直没有把内心真正的想法告诉过美忧。这是一个持续了十年的男女爱的故事。

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

鸿上在欧洲挖掘遗迹时不小心让被封印的炼金术师盖拉复活了，盖拉企图夺取核心硬币来毁灭世界，并利用硬币的力量让时空发生了错乱，映司、安库和比奈等人被传送至了江户时代，他们将和德川幕府第八代将军德川吉宗一起联手对抗盖拉，拯救全世界。

某一天，一颗陨石坠落地球，引发不可思议的时空扭曲。穿越时空隧道出现的，是来自40年后的未来假面骑士波塞冬（滨田贤二 饰）。与其它伙伴相比，这是一个好战求胜的战争狂，他发誓要打败所有现代的假面骑士。以此为契机，火野映司（渡部秀 饰）、后藤慎太郎（君岛麻耶 饰）和伊达明（岩永洋昭 饰）暂时告别普通人生活，挫败波塞冬的野心，并救回失踪良久的安库（三浦涼介 饰）。与此同时，邪恶组织财团X利用陨石带来的宇宙生命之种展开邪恶计划。为了保卫地球和宇宙，史上最强大的假面骑士部队集结于此……本片为假面骑士系列40周年纪念作品。