这部戏的核心是写了这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。以男主公杨灿为例，他有一个亲梅竹马的钢琴演奏员的女友柳诗文，非常执着地爱着他，并成为特战队的编外内线人员，承担监督恐怖主义头子的任务，但最后却牺牲了。同时，杨灿又热恋着自己的教官那敏，但这些爱全是大爱，所以很虐心、很痛苦。还有军中之花石雨陪着闺蜜战友那敏与厉剑锋的爱情长跑也非常耐人寻味，他们在进入婚姻的关头紧急刹车，最后才知道石雨深爱厉剑锋，可她硬是陪着自己的闺蜜、守着自己的爱人默默虐爱了8年。

在国际禁毒组织的严厉打击之下，金三角地区的毒源渐趋枯竭，大毒“深山猎人”为研制新型毒品冰毒，来代替罂粟，秘密潜回家乡，使波澜不惊的平原市一时暗潮汹涌。深夜，两伙贩毒份子为抢夺毒品在山区公路展开火拼，造成重大人员伤亡。为了巨额利润，贩毒组织又斗胆在迪厅交易，却被刑警队长艾强的女儿无意中发现。得到情报的缉毒支队队长李浩率队员及武警战士迅速赶到现场包围了迪厅，但贩毒梁虎生却神秘失踪；然而，在逃脱警方的追捕后，梁虎生却又不明不白的被毒杀。数百公斤的冰毒，在警方的严密布探之下偷偷运出市区，接着，大豪药业集团的副总慕在发现冰毒的秘密后，又在一夜之间不明去向。利用发达的现代通讯技术和互联网科技，贩毒份子通过手机留言和网上E-mail展开源源不断的贩毒活动，甚嚣尘上，其间交织着毒品、凶杀、网恋、爱恨情仇，究竟谁是幕后元凶，其中又隐藏着什么重大匿情。

电视剧《暗算》分三个部分，分别是——第一部《听风》、第二部《看风》、第三部《捕风》。《听风》，即无线电侦听者；这是一群“靠耳朵打江山”的人，他们的耳朵可以听到天外之音，无声之音，秘密之音。《看风》，即密码破译的人；这是一群“善于神机妙算”的人，他们的慧眼可以识破天机，释读天书，看阅无字之书。《捕风》，即我党地下工作者；在国民党大肆实施白色恐怖时期，他们是牺牲者，更是战斗者，他们乔装打扮，深入虎穴，迎风而战，为缔造共和国立下了不朽的丰功伟业。

1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。

1943年秋，在山西与河北交界处的榆树镇，日军疯狂地屠杀、驱赶当地百姓，建立无人区，并在无人区的核心位置磨盘岭，阴谋秘密设立化学武器装配、储运基地，实施“A字”计划。枣树村的百姓因抗拒日军的暴行，被凶残的日军集体屠杀。幸免于难的猎户杨天柱发誓为亲人们报仇，展开了一系列的复仇行动。在一次伏击日军的战斗中，杨天柱等人陷入险境。危急时刻，八路军县大队赶到，将他们解救，几人参加了八路军。日军的阴谋被八路军获悉，八路军两次出击，成功伏击日军的工程人员和运往磨盘岭的设备。八路军与敌人斗智斗勇，成功摧毁了在建的日军基地，并一举歼灭了榆树镇守敌，解放了榆树镇。杨天柱等人，在党的教育下，在战火的洗礼中，成长为一名为民族而战的八路军优秀战士