西历1999年，突然从宇宙深处飞来的而撞击地面造成很大灾害的物体是艘长1200米的巨大战舰。人类结合战舰原有的技术进行了修复，经过漫长而又...

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

他在欧洲外籍军团待过，有十几件暗杀的案子被警方判定是他干的。此外还有绑架欧洲经济界的大人物、抢劫瑞士国际银行的运钞车的案子，他涉及的案子简直是多的数不清，可是就没有一件能够证实就是他干的，最重要的是教授并不是为了钱，而是为了他自己的美学才犯案的，这就是他被称为教授的原因！他为了把自己的过去全部抹煞掉，竟然连自己的妹妹都想杀害，他公然的向城市猎人挑战，在列车上放置炸弹，假如炸弹爆炸的话会危害到整个新宿的安全，于是城市猎人运用他的聪明，与教授展开了一场聪明之争……

2977年世界虽然保持着和平但人类却开始将希望羽梦乡遗忘变得散漫、倦怠、毫无生气这时哈洛克船长举起了反地球政府旗帜袭击了往地球运送物资输送船成为宇宙中著名海盗 　　该作序幕篇讲述哈洛克朋友特刺罗为制造了宇宙飞船“阿尔卡狄亚”号(又议“黄金乡”号)但就飞船即将出航之际特刺罗缺倒下了哈洛克爱人艾美拉达也不知所踪两人女儿有纪萤麻由就此成为关键人物哈洛克为了见每年一次隐藏身份来到地球麻油吹着古代土制乐器情景给人们留下了深刻印象相信有观众因为被感动尔特此购买了古代土制乐器

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看就要被拆穿了，巨大的危险正向柯南和他身边的人急速袭来！意识到事情危险性的江户川柯南独自展开了调查……