顾汉森是上海呼风唤雨的人物。民国初期，他收养了两个义子，廖思成和方天翼，两人与他的亲女儿顾 婷青梅竹马长大，三人情同手足。方天翼为人正直、仗义，重视兄弟情义，虽然一直暗恋养父顾汉森的女儿顾婷，但得知顾婷喜欢廖思成后，一直将感情埋藏在心底，跟随廖思成出生入死，为抗日战争、解放战争胜利立下汗马功劳。长大后，廖思成以优异的成绩从黄埔军校毕业，留学日本。表面上他是国民党军官，实际身份是中共潜伏在国军中的卧底。在日本留学期间他与日军高官的女儿大岛由美相爱，不曾想九一八事变爆发，两人只得惜别。回国后，顾汉森知道女儿顾婷的心思，准备操办她和廖思成的婚礼，但廖思成以国难当先为由婉拒，加入军统，顾婷和方添翼也一同追随。几年后，廖思成接到命令率领小组去截获一批清宫宝藏，顾婷与方添翼也参与其中。但他们却不知道自己已经卷入一场阴谋当中。而令人意想不到的是，顾婷竟也是一个潜伏在国军中的中共特工。两名中共特工在敌区的夹缝中生存，迎接他们的是一场难以想象的艰难挑战。

上世纪80年代中期，作家方言从警察口中得知儿时的伙伴高洋离开人世的消息，追忆起他和儿时一群伙伴的成长往事。他们都是50年代末出生在北京某军队大院里的孩子，一起玩模拟打仗的游戏，一起在青春萌动中追女孩子……

本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事——逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和她们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱的变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。

抗日战争时期，上海租界由于其特殊的历史因素成为了在日军包围下的孤岛，各种抗日力量在中共地下党的领导下开始蓬勃发展起来。五个身怀绝技的年轻女孩来到了上海，她们本是国民党军统培训的特工，被上峰误会而蒙受冤屈。她们开始民族大义，对鬼子汉奸进行了一系列的行动，在行动中多次得中共地下党的保护和帮助。在与日寇和汉奸的斗争中，她们被我党优秀地下工作者坚定的革命信仰和舍生忘死的革命精神所感染，逐渐认识到只有中国共产党才能救中国，于是五个女孩毅然加入了共产党领导的新四军队伍，成为我党谍报战线上的一支奇兵。

顺治年间，牛大宝一心想与心上人袁玉娥建立家庭，在追求过程中阴差阳错成为了京师总驿站皇华驿一员，而袁玉娥是洪帮的成员。为了保护心上人袁玉娥，牛大宝凭着智慧取得驿长龙定海信任，暗中为化解洪帮与清廷的矛盾做出努力。在一系列的事件中，他一边保护与自己误结连理的善良青楼女子春花，一边运用他的智谋破坏了皇华驿的一系列阴谋，除掉了罪恶深重阴险狡诈的茅罡、一口鸟等密探。经历一番风雨洗礼后，牛大宝终于从一个普通的市井小民成长为有智谋、有胆略、有正义感的义士，通过他的努力，让老百姓避免了一场战乱之苦……