故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

本剧讲述了大东奉盟主之令护送刘备回铁时空，但在过程中发生时空共震，被剧烈冲击力撞击的大东，睁开眼睛，发现自己竟然躺在女子更衣室的椅子上。从金宝三口中得知自己已消失了十年，而在此期间父母以及亚瑟和小雨为寻找自己而下落不明……

南虞本是玛丽苏游戏的主角，一觉醒来发现自己竟身处民国，并与侦探游戏男主高寒共用身体。一个整日研究爱情，另一个整日研究命案。两个冤家被迫共同解决奇案。二人相互竞争却又必须合作，且看怨种CP搞定民国凶案。

亲眼见到母亲身亡的许念因PTSD变成哑巴，失去母亲的爱护，父亲又将情人娶进家门，并带来一个岁数相近的继女，许念自此遭到父亲的冷漠以对和继母江宛丽与其女许瑶的欺辱刁难。然而，许念一直认为母亲的死另有隐情为了搞清真相只能伪装柔弱单纯哑女，但实际却是一位善良却有高智商的黑莲花。冷面霸总顾洺衍雷厉风行手段冷峻，童年的遭遇让他患有被害妄想症，对人充满防备。顾洺衍一直怀疑父亲顾涛之死是许家和顾宏宇勾结的阴谋，在得知许念真实身份之后，想要利用许念查出真相，于是腹黑套路许念签订婚姻契约，名正言顺的同居，却不知自己才是白切黑猎手许念的猎物。双强斗智的两人在感情路上从互套互演到假戏真做

铁时空的大战仍未止息，为了保护雷婷，大东委托东城卫首席战斗团团长修带着她先行回到金时空，自己与夏天并肩作战对抗魔界大军，雷婷万般不舍地离开大东。没想到修和雷婷在回金时空的路上却意外遇伏击分散，雷婷失踪！ 而此时终极一班群龙无首，辜战与止戈两兄弟为了当老大展开比武对决。修找到了终极一班，雷婷失踪引发了轩然大波，经过众人努力终于找到雷婷，让她重回老大位置。却发现她性情大变，原来这一切都是一场骗局……