住在真新镇的少年小智，迎来了能获得宝可梦训练家资格的10岁生日早晨。对从未见过的宝可梦，与从未见过的世界感到憧憬的他，应该到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦，可是小智睡过了头，等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。“你是不是很讨厌我？可是，我很喜欢你哦！”尽管两人有过冲突，却也慢慢建立起友谊。外出旅行的那天，他们看见传说的宝可梦——凤王在天际翱翔。小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言——“总有一天，我们会一起去见它！”于是小智，为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一起展开了旅程。他们在途中遇见训练家诚子以及宗次，并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。”在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦——玛夏多的引导下，小智一行人前往凤王栖息的天青山，此时却出现了一名强敌。他们俩是否能见到凤王！？为了实现启程那天所立下的誓言，两人现在即将展开成为“真正的伙伴”的冒险！

"小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！！"

在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了…人类和洛奇亚的约定，能够如期发生吗？幻之宝可梦捷拉奥拉的真面目又是什么？现在，人类和宝可梦的友谊，即将令奇迹发生……