伴随仲夏的薰风，平安物语第二季的绘卷缓缓展开。玉藻前狐面后上扬的嘴角，似有恶作剧的气息；妖刀姬抽刀挥向幽深的密林，裹挟肃杀之气；小鹿男清澈的瞳仁蒙上阴翳，命运的浮沉未卜……新朋来临，旧友重聚，庭院会发生怎样的新趣事呢？

幼年遭遇飞机事故，因而在阿富汗长大的男主角相良宗介中士是神秘的国际组织秘银特殊部队成员，专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区执行组织下达的秘密任务，对抗恐怖份子，缓救人质，化解各式各样危机。而宗介最新的任务要尽快前往日本，任务内容为伪装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟要。这位少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但不知什么原因却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟，宗介驾驶着80年代末才在战场中出现的新式兵器--强袭机兵“Arm Slave”与其他神秘组织对峙。

Hand Shakers——将手牵起，利用从深层心理诞生的武器“宁录”互相战斗的人们。为了实现自己的“愿望”，从而见到神，将神打败，众多的Hand Shakers以此顶点为目标，互相竞争。存在于那尽头的事物是—— ——大阪 擅长摆弄机械的高中生手纲，接受了某个修理委托而来到大学的研究室。他在那里，与一直睡在床上的一位少女小代理相遇了。如同被什么引导一般触碰到小代理指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音。 ——跨越众多战斗，超越试炼之人。 接受启示之人。企图见到我，挑战我之人。其为“Hand Shaker”—— 由于在眼前延伸的异质世界“金字形神塔”而困惑的手纲。刹那间，手纲和小代理遭到了某人的袭击——。企图见到神的诸多Hand Shakers，阻挡在手纲和小代理的面前。赌上他们各自的“愿望”……去守护吧，用这双手！

曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士。两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚斯塔，这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。

集合了各个领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的特权学园“私立希望之峰学园”。这所学园，存在着集中了超高校级的才能的“本科”，以及只要支付高额学费，就谁都可以进入的“预备学科”。不仅是才能，性格也独具个性的本科77期生。但他们不仅固执于才能，还学习了“人生重要的事物并非是才能，而是经由人际关系打造人格，并制造出回忆”，各自讴歌着如同普通的高中生一般的学园生活。但，随着神秘计划在水面下的执行，学园所带来的学科差别开始横行。以及，渴望着才能的预备学科的少年·日向创。他所引起的命运的邂逅，将学园、将未来导向了无法预测的方向。这是，直到人类史上最大最恶的绝望事件发生为止的物语。以绝望终结的，希望的物语。