故事从鲁邦三世与次元大介在一间法国乡村小镇公寓里的房间开始。网络上存在一个黑暗的网站「马可波罗」，在那里你可以买到任何非法的东西，如毒品和枪支。为了窃取数位货币，鲁邦入侵了一个严密的服务器设施，并且遇到一位天才黑客少女艾咪。接着鲁邦在「马可波罗」上被悬赏高额的奖金，而鲁邦跟艾咪要共同面对来自各方的杀手......

讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击，柯南方才明白这次的对手将是鲁邦三世。鲁邦之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦预告函的目暮警部等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一警部，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦则在宝石顺利得手后，听从峰不二子的要求，将宝石交给了神秘男子阿朗·斯密斯。他的目的到底是什么？与此同时，来到日本的还有超人气海外偶像——艾米里翁·瓦力迪。但他却收到了死亡恐吓信，要求终止艾米里翁在日本的演唱会，否则就会丧命。因此艾米里翁和其经纪人克劳迪娅·贝尔琪求助于毛利小五郎。对超人气偶像的恐吓，幻之秘宝的盗窃事件，柯南认为这两个事件都与鲁邦三世有关。走投无路的危机在逼近柯南等人。该信任谁，又该怀疑谁？逼近身边的神秘巨大组织，鲁邦真正的目标又是什么？而柯南又能阻止这个计划吗？

战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

《福音战士新剧场版:破》描述的是在近未来，14岁的少年碇真嗣驾驶泛用人形决战兵器EVA与神秘的入侵者使徒作战的故事。作为新世纪福音战士新剧场版的第二集，本片延续了前作《福音战士新剧场版:序》的剧情。但与第一集不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。眼镜娘的神秘出场，傲娇女的华丽来袭，三人性格的微妙变化，都已成为曾关注1995年TV版作品的EVA爱好者们的大热话题。本剧场版又名:EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE.新神棍计划2.0，请别错过。