《誓言今生》以我反间谍人员黄以轩和台湾情报官孙世安两人长达五十年的斗争为主线，以这两人为代表的两岸秘密斗争以及间谍和反间谍的殊死搏杀为主要内容，通过曲折复杂的故事情节和层层推进的悬念逐一展开。同时，剧情围绕黄以轩和孙世安之间的复杂渊源与千丝万缕的关联，在上海，香港，北京等地的广阔空间里，展现两个人物及家庭的复杂命运。

全剧分《一日三餐》《心之所向》《砺剑》《热爱》《未来已来》《理想生活》《前海》《沙漠之光》《西乡明月》《唐宫夜宴》《坚持》（以单元故事发生时间排序）这十一个单元。以不同主题，选取真实人物案例进行艺术加工，以小切口反映大主题、小人物折射大时代、小故事讲述大道理，充分展现中国共产党领导下新时代中国特色社会主义的辉煌成就，展现人民群众获得感、幸福感、安全感不断增强的美好历程。

县城一役让李向阳率领的武工队名声大震，日本鬼子顿时成了没头苍蝇。善于逢迎媚上的渡边被日军司令冈村提拔为联队大佐。渡边对李向阳的神出鬼没颇为胆寒，抱着不求有功但求无过的心思龟缩在县城，一时武工队和日本人倒也相安无事。渡边整天忙着讨好冈村派下来的谍报专家贞子，小日子过得不亦乐乎，直到一心为兄报仇的松井横二的到来，终于打破了这短暂的平静。

一家跨国制药公司“葛安公司”，与国内某沿海城市合作兴建了一座大型生物工程基地。西海医院院长徐谦，感觉到葛安在医院下属的肝病医疗中心干着某种非法药物实验的勾当，但对方组织极其严密，违法活动不着痕迹。徐谦又发现葛安的人还意图窃取自己的导师、在世界流行病领域享有盛誉的肝病中心主任凌知渊正在秘密研究的某项重大科研成果(“黑郁金香”病毒研究)。职责和良知让徐谦决定查出黑幕。而最有效的办法就是让黑幕的操作者信任自己。此时，徐谦发现自己患了一种不治之症——肌肉萎缩症。他知道最多半年时间，他就将躺在病床上，而最多两年时间，他将辞别人世。徐谦义无反顾地上了葛安公司的“贼船”，经过一场对方精心策划的“考试”后，徐谦成了生物工程基地的CEO。葛安公司断定凌知渊手上的秘密研究具有极大的商业价值。于是他的女儿、高级流行病学专家凌子墨被从在国外的葛安总部派回了西海。她的身份是生物工程基地高级顾问，但总部的秘密意图，是让她慢慢接近其父手中的秘密研究，助其父一臂之力，并在她自己不知情的情况下，将医学情报透给葛安。凌子墨回到西海，发现自己深爱的徐谦变得世俗、陌生甚至可怕。此种情形下，凌子墨与以前的恋人、一个因嫉恶如仇颇具个性而显得不合时宜的律师汪晓寒渐渐走得较近，徐谦为了让自己深爱的女友能在自己死前重新找到感情归宿，刻意做出一些不近情理伤害凌子墨的事，令凌子墨痛苦万分。与魔共舞的徐谦，忍受着女友和导师朋友同事的误会，忍受着身体的痛苦和心灵的折磨，将收集到的犯罪分子们的罪证，以“蜘蛛侠”的网名不断给凌子墨发去电子邮件，指引凌子墨慢慢勘破其中的种种“悬机”。徐谦成了一个特殊的卧底和两面人，他想通过这样的方式里应外合让凌子墨汪晓寒等人将犯罪黑幕大白于天下。“黑郁金香”病毒即将大面积爆发，凌知渊和凌子墨父女二人联手攻关，欲抢在病毒爆发前彻底破译它的基因密码。一场对黑郁金香科研成果的争夺战开始倾于白热化。葛安不惜代价不择手段要获取凌知渊父女的基因图。而最后黄雀在后的竟是凌知渊的助手、一个表面医术平平实则是此中高手的虞雅琴！当凌子墨等人终于意识到蜘蛛侠其实是徐谦时，徐谦为了保护黑郁金香的珍贵资料和虞雅琴等人展开了殊死搏斗，最后壮烈牺牲。依据徐谦提供的重要证据，西海市市长一声令下，葛安公司的罪犯们被依法逮捕，无一漏网。而人们敬仰的医学专家凌知渊，为了抢救病人自己感染了病毒，献出了生命。美丽的海滨墓地前，人们络绎不绝地前来凭吊英雄，大海亦为之动容。

北方小城南石发生了一件大事，案犯王泉深夜从看守所袭警逃跑，两天后又来到南石大厦安放了烈性炸药，要和市长林志航当面对话，并要引爆炸药，制造惊天大案。危急中公安局副局长寥芳华挺身而出，身手矫健，化险为夷，将王泉再次擒获。市长林志航非常高兴，并告诉寥芳华，省厅已决定，让寥芳华担任南石市公安局长，一定要彻底改变南石恶性案件层出不穷的混乱局面。寥芳华是个年轻漂亮的女性，她的上台引起了很多闲话，主要是说她和市长林志航有暧昧关系，说寥芳华纯粹是个花瓶，中看不中用，根本应付不了南石非常复杂的治安局面。然而，寥芳华是一个极其聪明和刚强的女性，具有强烈的责任感，上任之后她雷厉风行，大刀阔斧，果断撤换了一批不称职的干部，并身体力行，和刑警大队的干警一起栉风沐雨，日夜奔波，很快破获了一系列恶性案件，令很多说闲话的人吃惊不已。薛风费尽心机，设计了一个巧妙的圈套，让林志航在不知不觉当中一步一步陷进去。萧氏集团的总裁萧琳是一个风情万种的女人，由于她的父母当年是被林志航的父亲揭发而死在监狱当中的，而承办该案的又是寥芳华的父亲，因此萧琳和寥芳华以及林志航又有着不共戴天之仇。狡猾的萧琳和薛风既有合作，又有斗争，一个阴谋接着一个阴谋，妄图将林志航和寥芳华至于死地。为了达到目的，萧琳又绞尽脑汁，巧妙安排，将深陷牢笼的王泉再度救了出来。寥芳华是个非常念旧的人，由于她和薛风从小一起长大，因此她一度对薛风非常照顾，甚至被薛风的种种表演所蒙蔽。然而，她的机智和聪慧，以及强烈的使命感，促使她全身心地投入到打击黑恶势力犯罪的艰苦斗争之中。渐渐的，她发现了一些蛛丝马迹，便她不动声色，稳扎稳打，巧妙地利用犯罪集团中的矛盾，终于将一个盘根错节、有着雄厚经济实力和社会关系的犯罪集团一网打尽，查清了支持王泉在南石大厦搞爆炸的后台，揭露了薛风的真实面目，并将萧琳一举擒获。同时，残暴狡猾的罪犯王泉也精神崩溃，坠楼身亡，寥芳华以她无私无畏的英雄行为证明了她是一个非凡的女性，是一个优秀的公安局长。