故事延续第一季，原石反应堆计划在上京市遭到王一飞等人的破坏后，王一飞被神秘的黑甲武士掠走，去向不明。与此同时，来自南海边陲的除魔少女唐寻嫣带着她的守护者燕青，踏上了这片是非之地。盘古少爷丁思聪渔翁得利成功接管盘古集团后，为挽救家族企业，锐意开发并推出VR游戏，一时大卖。不料好景不长，白天看似平静的上京市，一到夜晚，竟变成人人自危的屠宰场。神秘反派利用方石的黑暗之力，异化无辜市民，化身不明生物，昼伏夜出，猎杀一切所见之物。唐寻嫣和她的守护者燕青力图挽救危局，彻查不明物种源头。丁思聪和织田信长面对内忧外患，选择抗争到底。

王琦瑶（郑秀文 饰）与同学蒋丽莉（苏岩 饰）到片场参观，认识了摄影师程先生（梁家辉 饰）。程先生为琦瑶拍照并倾心于她，后来更推荐琦瑶参加“上海小姐“的选举。王琦瑶的风姿不仅使她赢得了第三名，还令掌握军政大权的李主任（胡军 饰）义无反顾的爱上了她。王琦瑶也全身心投入，可是李主任遭到了追杀后便销声匿迹了，王琦瑶倍感伤痛。期间她最好的朋友蒋丽莉也离开上海了。富家子康明逊（吴彦祖 饰）的出现使琦瑶的生活起来波澜，琦瑶更怀上了他的孩子，由于上海局势不定康明逊必须离开，王琦瑶只好用钱买来一段婚姻以换取给予孩子的名分。十年后，她遇到了与自己女儿相仿的男孩老克，并与老克有了一段忘年恋，可是这个年轻人即将要离开上海了……

姚远在孤儿院长大，后被二叔接出，早早进入社会，从底层快递员做起。在被邮政执法堵截损失惨重后，他设局结识国营邮政稽查负责人的千金路晓欧，以换取信息。两人在你来我往的交锋中暗生情愫。姚远不忍拖累路晓欧，在世纪之交不告而别踏上了南下的列车。而后几次与路晓欧相遇错过，姚远无法隐藏自己的自卑与向往，路晓欧成为他奋斗路上永远的痛。面对刘爱莲多年不放弃的陪伴，刘云天于情于商的挑战，姚远备受煎熬。经历种种波折后路晓鸥回到姚远身边尽心尽力帮助姚远，却因经商理念不同二人矛盾层出，路晓鸥再次失意离去。远方快递在与强大资本的较量中犹如大海中的一叶孤舟，几经沉浮，被风浪无情拍打。远方快递被收购，姚远选择了再次上路，在所有人的瞠目结舌中，创立“新远方”，他用自己的经验，再次点燃了自己的梦想，打出了人生又一手好牌，也再次点燃了路晓欧的心。

仲夏航空副驾肖默在一次飞行途中意外发现火情，间接造成了航空公司太子爷夏宇母亲过世。尽管公司最后判定肖默没有责任，但肖默还是因为内疚辞去飞行员职务，成为了一名维修师。两年后，肖默重回飞行队，在航校复训期间重遇已是飞行学员的夏宇，两人更意外都喜欢上了性格率真的女飞吴迪，三人陷入了情感纠葛。此时一份未完的调查报告突然出现，两年前未知的真相让众人对肖默怀疑再起，眼看肖默再次面临停飞，吴迪的心也开始渐渐向夏宇靠拢。此时的肖默不再退缩，用尽方法查出两年前事故的来龙去脉，肖默力证了自己的清白和作为一个飞行员的实力，再次重返蓝天。

一九四一年，日本人占领上海，并全面展开对中国的侵略，中国人的苦难也更为加剧。中日战事多起，日本人将掳获的中国人一批批的往俘虏营送，而俘虏营内的每一人既代表着一个个中国家庭濒临破碎、生离死别、骨肉流离。在这苦难的岁月中，中国人民流离失所，但其意志仍坚强，因为他们相信胜利最后会属于他们的。 ...