本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事——逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和她们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱的变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。

《天不藏奸》是根据几年前震惊全国的真实刑事案件改编的，案发地点涉及到湖南、湖北、四川等省。花数年时间全程跟踪采访，搜集了大量的真实材料，除了公安刑警和犯罪伙斗智斗勇的惊险，层层案情的扑朔迷离之外，"红粉兵团"的出现是案情的一大特点，也是犯罪团伙能够危害七年之久的真正秘密……

一九四三年秋，日本帝国主义对中国的侵略战争进入了最后的疯狂阶段。为了粉碎日寇的清剿，临江城的抗日组织精心准备了一批军用物资要交给游击队，但交接物资的时间、地点被日本宪兵司令部发现。于是一次计划十分周密的行动猝不及防地变成了一场大屠杀。联系人牺牲、物资失踪，一夜之间，组织和游击队之间的联系也中断了。智勇双全的欧阳锋危急之中受命赶赴临江城，带领一大批中华民族的优秀儿女，最终将物资找回，并在爱国人士帮助下将物资送回游击队驻地。欧阳锋等人与日寇和汪伪特务之间展开了一次又一次的残酷斗争，完成了一次又一次上级党组织交给的任务，最终书写了一曲可歌可泣的抗日英雄赞歌。

1925年，杨立仁行刺北洋政府要员的计划因弟弟杨立青的顽皮而失败，生来性格相冲的兄弟俩先后背井离乡前往广州找寻各自的前途。立青在姐姐立华和共产党员瞿恩、瞿霞兄妹的帮助下，考入黄埔军校。受共产主义思想影响，以及经过东征和北伐的历练，立青成为了优秀的军人，他与进入国民政府的政治核心层工作的立仁产生主义之争，兄弟俩在“四一二”的腥风血雨中各自选择了不同的政治阵营，因信仰不同分道扬镳。抗日战争爆发，立青在我党领导的敌后济南战场上奋勇抗战，立仁则在重庆开展情报工作，兄弟俩既联合抗日又暗自较劲。抗日胜利后，内战爆发。立青在各个战场上战功卓著，直接面对盛气凌人的立仁和黄埔昔日同窗。国民党失道寡助，兵败如山倒，立仁从上海狼狈撤退并带着立华等杨家眷属退避海外…… 　　历史的演变展现了分分合合的兄弟相争，历史的进程印证了殊死较量的胜负成败，历史的选择见证了新中国诞生的必然命运

七十年代中期，越来越多的知青返回城市。李红梅家境贫寒没有回城的门路，为了回城她争当大队广播员，被革委会主任看中想占有她。她内外交困走投无路，当地农村青年何志诚十分同情，一次次冒险把她救出，患难中他们相爱了。