某乡村发生了灭门惨案，现场十分诡异，痕迹、物证几乎被破坏殆尽，刑警队在侦破过程中又陷入“闹鬼”迷局，可怕的是犯罪仍在升级，演变成连环杀人案，刑警队从层层线索中寻找真相，最终将谜案背后的真凶缉拿归案。

以为改革开放和构建和谐社会保驾护航的公安战线为背景，围绕公安干警为两个文明建设默默奉献这条主线，用电影的艺术形式，再现人物的真实感情和人物背后的灵魂，浓墨重彩地反映出新时期公安干警对革命事业的崇高追求，塑造出公安干警们的群体形象。

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南：绯色的不在场证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。

“警界顶流”阿特，亲口讲述他亲身经历的真实故事。网红主播探险百年枯井目击恐怖尸体；少女惨遭杀害焚尸母亲竟是其死亡推手；独居女孩遇害身亡线索指向网络占卜；逃亡21年的杀人凶手突然到警局自首。

他在欧洲外籍军团待过，有十几件暗杀的案子被警方判定是他干的。此外还有绑架欧洲经济界的大人物、抢劫瑞士国际银行的运钞车的案子，他涉及的案子简直是多的数不清，可是就没有一件能够证实就是他干的，最重要的是教授并不是为了钱，而是为了他自己的美学才犯案的，这就是他被称为教授的原因！他为了把自己的过去全部抹煞掉，竟然连自己的妹妹都想杀害，他公然的向城市猎人挑战，在列车上放置炸弹，假如炸弹爆炸的话会危害到整个新宿的安全，于是城市猎人运用他的聪明，与教授展开了一场聪明之争……