在遥远未来的公元2195年，人类在火星的殖民地被称为“木星蜥蜴”的神秘木星生物袭击，由于彼此科技有差距，地球军大败，火星殖民地被摧毁，地球连合军立刻提升军力以备战敌人。而此时一个不属于地球政府的私人集团——尼尔加(NERGAL)重工，研制了一艘火力强大、站在人类科技尖端的的宇宙战舰，这艘战舰的名字就叫做抚子(NADESICO)。本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……

刺耳的警报声骤然响起，通过无线电传入每个人的耳中。八号殖民地“白雪公主”正遭到突如其来的袭击，防御力量正被迅速瓦解。与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？