童守町小学的新学期，夜野铭介老师的到来引起一阵轰动，因为传说中他拥有一只可怕的鬼手，而且具有降服恶灵的本领，也有人称他为灵异教师神眉。神眉老师被分在了五年级三班担任班主任，等待他的是：热血的足球小将小广、胸部平平的男人婆乡子、喜爱传播流言的波霸少女美树、惹是生非的不良少年克也、健忘的矮仔小...

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

在煎饼店兼职的三蒲透子（深田恭子）在借录像带时结识了拳击手时枝勇次（堂本刚），深深被他吸引。费了很多工夫，透子终于查到勇次在一家花店兼职。透子拼命接近勇次，也经常到勇次练习的地方为勇次打气。但勇次一年前就开始喜欢花店的老板香织（原沙知绘），他拒绝了透子的感情。 　　勇次以前是全国高中拳击冠军，为成为职业拳手，必须参加公开赛。这时透子全身心地鼓励勇次打好比赛，