在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……

　　「火要镇」18世纪，江户。商人的女儿小若和青梅竹马的松吉相爱了，但松吉是镇里的消防员，而小若又开始相亲了。因无法忘记松吉，小若疯狂的爱情引发了大火烧掉了江户。她与松吉在大火中相遇。 　　「九十九」18世纪的一个暴风雨之夜，男人在深山中迷路。这时他发现了一座小小的祠堂，里面都是由“被丢弃之物”变化成的怪物。男人认真修理这些充满怨念的物品并加以安慰。 　　「GAMBO」