生于都市、在没有任何不自由的环境中长大的榛原华子（门胁麦 饰）是一位千金小姐，她坚信结婚等于幸福，但是，她被准备谈婚论嫁的恋人抛弃了，第一次站到了人生的十字路口。眼看同样就读于名门女子学校的同学们纷纷结婚生子，她的内心无比焦躁。就在华子千方百计寻找结婚对象时，遇到了出身良好家庭的美男子律师青木幸一郎（高良健吾 饰），决定和他结婚。另一边，出生于富山的时冈美纪（水原希子 饰），靠努力学习考入庆应大学，来到东京。为了攒学费，她也曾加入夜世界，但还是中途退学了。她没有恋人，感到工作毫无价值。出生于都市的千金小姐华子，从地方来到东京，靠自己在都市苦苦打拼的美纪，同样在都市生活境遇却截然不同两人本应没有相遇的机会，但她们的人生发生了交集。两人寻找着自己的归宿，开始了不仅仅只有恋爱结婚的自己的人生。

东京明和银行职员中山雄吾（户次重幸 饰）坠楼身亡，搜查一课刑警伊丹宪一（川原和久 饰）率队赶赴现场，结果遭遇了颇令他头疼的警视厅电脑犯罪对策课的专门搜查官岩月彬（田中圭 饰）。原来中山生前曾以Justice11的ID在网络上上传散布大量疑似银行内幕信息的数据，其行为早已引起岩月彬及其同僚的注意。伊丹和岩月逼近中山的上司朽木贞义（田口智朗 饰），对方闪烁其词的举止让他们觉察泄露的数据中藏着什么秘密。岩月故意将搜查二课引入搜查本部，后者对旁支线索的追查果然为本案打开局面。不久，明和银行的支付系统发生故障，引起不小的混乱，而奔赴在前线的刑警们也接到来自政府高层的中止调查的命令。看似平常的杀人案，却牵涉着足以撼动全国政经根基的重大秘密……

「一天又结束了，当人们赶路回家的时候，我的一天才正式开始。菜单只有牆上写的这些，你也可以点你想吃的，我做得出来就帮你做，这就是我的经营方针。营业时间从午夜十二点到早上七点，人们称这儿叫『深夜食堂』。你问会不会有客人来？喔，还不少喔！」 　　安倍夜郎的作品《深夜食堂》以都会区巷弄裡从深夜开始营业的食堂为舞台，将老闆做出的平民料理，与形形色色的客人的故事融合，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢最质朴的人情味。 　　不管是黑道大哥的纯情回忆、半红不黑演歌女歌手奋斗史，或是AV男优与家庭的羁绊，都在食堂老闆做出一道道平凡但美味的料理后，故事就展开了。每一集剧情把主轴放在各个阶层、不同身份的客人身上，用人与人的关係将故事连结，用料理带着故事前进，看着看着甚至觉得阖上书本，拿着钱包下楼，走到巷口转角，深夜食堂就在那裡亮着暖暖的黄光，等着你光临。

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在她无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3·11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对其展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。 　　平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……

在某个神秘的夜晚，可怕的孢子突然降临地球，它们钻进人类的身体，从而将其据为己有，并且将人类作为猎杀吞食的目标。高中生泉新一（染谷将太 饰）也险些被孢子控制大脑，结果这个待在右手中寄生兽“小右”（阿部隆史 饰）便与之展开了奇妙的共存。某天，学校里来了位新老师田宫良子（深津绘里 饰），她和小右都敏锐地察觉到对方的存在。田宫将A（池内万作 饰）和岛田秀雄（东出昌大 饰）介绍给小右，并邀请他加入全部由寄生兽组成的网络以谋求发展。在此期间，新一和小右遭到A的伏击，而相依为命的母亲（余贵美子 饰）也不慎沦为寄生兽的俘虏。为了保护最重要的人，新一只有向穷凶极恶的寄生兽展开攻击…… 本片根据岩明均的同名漫画改编。