距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老搭档神户尊（及川光博 饰）找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。 当他和随后赶来的伊丹（川原和久 饰）等人渐渐逼近事实真相时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……

东京明和银行职员中山雄吾（户次重幸 饰）坠楼身亡，搜查一课刑警伊丹宪一（川原和久 饰）率队赶赴现场，结果遭遇了颇令他头疼的警视厅电脑犯罪对策课的专门搜查官岩月彬（田中圭 饰）。原来中山生前曾以Justice11的ID在网络上上传散布大量疑似银行内幕信息的数据，其行为早已引起岩月彬及其同僚的注意。伊丹和岩月逼近中山的上司朽木贞义（田口智朗 饰），对方闪烁其词的举止让他们觉察泄露的数据中藏着什么秘密。岩月故意将搜查二课引入搜查本部，后者对旁支线索的追查果然为本案打开局面。不久，明和银行的支付系统发生故障，引起不小的混乱，而奔赴在前线的刑警们也接到来自政府高层的中止调查的命令。看似平常的杀人案，却牵涉着足以撼动全国政经根基的重大秘密……

18年前舞台上的一次失误彻底打碎了天才踢踏舞者渡真二郎的舞蹈梦，他从舞台上消失，梦碎的他日日与酒相伴，浑浑噩噩地生活着。但是某日他的旧相识剧场老板毛利找上门来，请他再次出山，为他即将倒闭的剧场演出最后一场踢踏舞秀。虽然旧日的噩梦仍然笼罩着真二郎，但受好友相托的他只能不情不愿地开始为这场表演选角，在这些来参加甄选的年轻舞者中，他被其中一个生活窘迫却始终不愿放弃舞蹈梦想的青年所吸引，他的舞姿点燃了真二郎心中曾经的梦……

金田一耕助之狱门岛，竹取物语杀人传说，被诅咒的第三位新娘，监狱女医的新事证，每周三的杀意，荞麦老饕的电车诡计，优雅名门的华丽犯案，W杀人事件的关键，主妇侦探偷窥情杀案，乡下法医嫁祸杀人事件，黄金神犬百里破案，8点18分的死神，女法医大解剖，被镰仓不伦杀人旅行，伊那杀人溪谷，戒指的不在场证明，京都偷情不归路，背叛的悲剧，酒国皇后不伦情杀案，杀手挽歌，农家女律师巧手办案，看护工潜入豪门查真相，菜鸟记者歪打正着办案，下午两点的死讯，遗产争夺毒杀事件，古都奈良杀人案，美女作家推理破奇案，糊涂巡警最佳拍档，小说密语暗藏杀机，新仇旧恨父女情，女法医验尸缉真凶，暴力社长不伦杀人事件，豪门婆媳恶斗谋杀案，隅川田不连续杀人事件，逃亡警察冤狱平反，艺伎小春血书事件簿，双重伪证的杀人内幕，山岳救难队破奇案，指纹搜查真凶现形，上社会的骨肉相争，刺青女郎的危险秘密，欺诈结婚的杀人圈套，山百合杀人事件。

某个夜晚，首都圈警视厅高层举行例会。突然一名持枪男子闯入会场，将所有长官劫为人质。警方迅速调查劫匪身份，发现其竟是早已离职的前巡查部长八重坚哲也（小泽征悦 饰）。此后不久，特种部队强突会场，营救行动圆满完成，混乱中八重坚饮弹身亡。由于不清楚八重坚的真实目的，而他被杀的过程中也存在蹊跷，杉下右京（水谷丰 饰）和神户（及川光博 饰）旋即展开调查，发现这一切似乎与七年前某起足以引起国际纷争的恐怖袭击案件有关。而另一方面，警方高层出于某种原因也不断施压，试图阻止特名组的调查。层层迷雾后面，究竟隐藏着怎样惊人的真相？ 本片为同名电视连续剧第二部剧场版。