飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅，接收了包括女人YoYo（周海媚）在内的Roy的一切“财产”，成为Mike等人眼中的头号敌手。 Mike为找图钉华犯罪证据监视YoYo时，与之生出真情。偷渡回港的Roy得知被Mike戴了绿帽子后，气急败坏欲找Mike报仇，不想被图钉华一刀劈死。烂鬼东得知好友死讯后立时大怒，独自一人闯入图钉华老巢，刑警即可变作野兽。

1997年，作为联合国选出的“十大未来领袖”之一的靳铁生博士（刘德华 饰）正陷入了一场谋杀阴谋，其他几位未来领袖先后身亡，期间全港通讯出现故障，有人死于人体爆炸……警方迅速展开对靳铁生的保护，然而靳铁生仍然沉浸在失去女友Adele（李嘉欣 饰）的痛苦之中，他拒绝了英国MI6部门的保护，要求自己的小学同学——CID焦大鹏（黄秋生 饰）贴身陪伴自己。随着焦大鹏和MI6的调查深入，众多嫌疑对象被一一排除，然而靳铁生再次遭遇怪事——死去的Adele送给他一张卡片，卡上正是一位MI6重重保护中的人物的地址，而此人很快消失无踪。警方侵入某日本网络系统，获得了一连串事件背后策划者的部分信息——他们关注了大量各宗教经典中对于世界末日的描述。这时，Adele再次出现，留给靳、焦两人前往布拉格机票，在那里，也许有所有问题的答案……