2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）被捕，一星期后由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审。将军特派其黑社会爪牙健（郑伊健饰）返回50年前寻找铁雄，并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年去保护铁雄。 时大雄为93年一中学长期留班生，常遭同学余忌安（许志安饰）作弄毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）对他真心。飞龙三特警混进学校，扫帚头当上老师，铁面做大雄同学，星则任大雄跟班，帮大雄打赢忌安，并向他套取铁雄下落，但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校，另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗？

临近退休年龄的警署运输车辆警长林国权（任达华 饰）负责管理警队车辆、司机日常出勤及维修事物，在他与好朋友、刑事侦缉督察肥威骆华威（林雪 饰）、好徒弟李育勤平日生活中，也频遇诡异街头罪案。厕所追杀案、黑道假钞纠纷、蛋挞店冷血杀父案都让他们成功攻破立下奇功。因对儿子的爱，使热爱刑侦工作的林国权选择放弃隐退幕后。当他放下一切顾忌后，雄心再起，选择重回行动组，在他的影响下，好徒弟警员司机李育勤也突破心魔、实践理想，在一起银行抢劫枪战案中表现出色，并下定决心向着飞虎队员的方向前进……

二十年前因奸杀少女依芸入狱，重犯王远阳（张家辉 饰）在狱中历经凌辱，变成性格怪异、人见人惧的哑巴杀手。刚刚出狱的他，又卷入了一场惨绝人寰的命案之中：中英混血指挥家徐翰林被发现抛尸海边荒野，容貌尽毁遍体鳞伤，而徐翰林正是少女依芸的父亲。外号怒汉的警探林正忠（任达华 饰）一心查出真相，出狱后一直跟踪徐翰林幼女徐雪（文咏珊 饰）的王远阳，自然成为最大的嫌疑人，一场全港大追捕全面展开，然而，真相才刚刚开始被揭开……

故事开始是一次失败的交易，坏家伙Michael Woods 用一架能攻击的遥控赛车来搞破坏，一场大爆炸将除Michael Woods 外的所有人都送上了西天。甄子丹扮演的志良出场很快并且挺有喜剧效果，他穿著象马戏班一样水红和白色间条的吊带裤，志良是个导游，捉住了偷他团员钱包一个小扒手不过自己的钱包却被偷走了， 于是志良就骑着辆自行车去追骑摩托车的小偷并且好好教训了他一番，不过反过来他又被小偷的同党弄了个蹦蹦车军团来追他，这一段看上去很象不太高明的滑稽戏，其它场面又比较野蛮，譬如Michael Woods 把手枪塞到一个家伙嘴里并扣动扳机，动作场景从头至尾在这两种极端之间摆动。Salvitti的疯狗角色每次开打之前总要把外套脱掉，有一处甄子丹以一个不可思议的一字分踢式从Salvitti头顶飞跃而过以躲避他的攻击。 随后全体成员进入森林山洞。最后20分钟基本上全部是无所禁忌和不加停顿的动作场景，因为走私犯跟踪依照地图找寻金水晶的主角们也来到这里。Michael Woods 的新玩具是装载了炸弹的遥控飞机，当他控制飞机袭击主角们的时候这家伙得意无比，很多自动武器开火，然后就是中国功夫，丽莎的保镖(卢惠光)，挨了N刀居然没死，丽莎为了躲开一股爆炸的火焰从山崖上跌了下去摔得啃泥。志良在胡慧中和Joyce的协助下分别对付Michael Woods 和Salvitti，起先这些外国歹徒好象个个有不死体格，折腾得各位英雄们精疲力尽，不过最终这俩坏蛋的死状有够令人毛骨悚然，志良用一条铁链将Michael Woods 的脖子牢牢勒在一棵树上，Joyce给了Michael Woods丹田之下致命一击.头上挨了三棍再加上志良巨大圆木的劈头杀着，Salvitti也恶贯满盈，罪有应得地被送上西天。

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。