一直希望靠小聪明获得成功的马进，事业和爱情屡屡受挫，甚至将自己的希望都寄托在他人身上。在一次公司集体活动中，一行人遭遇意外流落至荒岛，从此众人的命运发生了翻天覆地的变化。

“跑男团”的几位兄弟姐妹散落在全国各地，他们有的人是厨师， 有的人是富二代，有的人沉迷于网络游戏，有的人干起了电视购物……直到有一天，每个人都收到一条神秘的中奖短信，纷纷参加了豪华旅游团来到三亚。谁知这一切都是有人特意安排指使，目的就是将所有人骗到三亚实施一个大阴谋。疑点重重的三亚之旅，到底与“跑男”兄弟团有什么联系，他们能否冲破层层难关找出幕后黑手……

电视剧《暗算》分三个部分，分别是——第一部《听风》、第二部《看风》、第三部《捕风》。《听风》，即无线电侦听者；这是一群“靠耳朵打江山”的人，他们的耳朵可以听到天外之音，无声之音，秘密之音。《看风》，即密码破译的人；这是一群“善于神机妙算”的人，他们的慧眼可以识破天机，释读天书，看阅无字之书。《捕风》，即我党地下工作者；在国民党大肆实施白色恐怖时期，他们是牺牲者，更是战斗者，他们乔装打扮，深入虎穴，迎风而战，为缔造共和国立下了不朽的丰功伟业。

重案组探长文方（黎明 饰）自两月前妻子遇害后，脾气变得暴躁古怪，因对犯人动粗经常被人投诉。一桩妓女被杀案的调查过程中，文方认识了总区重案的高级督察纪少群（任贤齐 饰），并派手下帮他找回了被偷走的手机。妓女被杀案调查与一宗枪火案交织在一起，重案组和调查枪火案的分队联合行动，不料伏击行动遭泄露，双方在茶楼展开激战，文方手下兄弟身受重伤，纪警官也随后赶到，在协助追赶嫌犯途中被嫌犯开枪击中。妓女被杀案嫌犯初步锁定重案组探员高祥安（廖启志 饰），文方因包庇手下被停职。在众多兄弟的协助下，重案组抓到高祥安口中的戴渔帽的嫌犯，嫌犯对杀人案供认不讳。在压送嫌犯过程中嫌犯打个手铐并打伤祥安逃脱，接二两三的事故让文方对警界内部人员产生怀疑，在探员小美（叶璇 饰）的协助下，文方终于找出隐匿于警界之中的“老鬼”……

一个偶然的机会，消防战士石鹏得知自己所在的平安消防队的队长周余就是在七年前在那场大火中单枪匹马救出自己的英雄，但同时，石鹏也从别人嘴里得知一个让他难以接受的事实，这个给了自己消防信仰的英雄，却是一个在火场里“见死不救”的“胆小鬼”，更让石鹏没有想到的是，周余当着他的面并没有否认这样的传言。这对石鹏以及他的信仰无疑是个巨大的打击，在经历了所有的迷惑之后，石鹏选择了坚信。他坚信那些对周余的“微辞”中一定另有隐情，而当年那个平安小学的音乐教室里到底发生了什么？于是，石鹏开始走进那场多年前的著名的小学火灾，去挖掘事情的真相，去捍卫自己的英雄，自己的信仰……