曾经不修边幅的亚瑟·库瑞（杰森·莫玛 饰），经过了一番磨难和艰苦拼杀之后，终于成为亚特兰蒂斯万众瞩目的海王。如今的他养尊处优，生活富足，与湄拉（安珀·赫德 饰）婚姻幸福，并且育有一个可爱的儿子。当然高高在上的日子也充满无聊和枯燥，直到某一天，贼心不死的黑蝠鲼（叶海亚·阿卜杜勒-迈丁 饰）找到了传说的黑三叉戟，旋即展开针对亚特兰蒂斯的报复。在冲突中，湄拉遭到重伤。在母亲（妮可·基德曼 饰）的建议下，亚瑟找回了被自己亲手打败并流放的弟弟奥姆王（帕特里克·威尔森 饰）。兄弟二人捐弃前嫌，展开了亚特兰蒂斯的保卫战……

本片根据霍利•布莱克（Holly Black）及托尼•迪特里奇（Tony DiTerlizzi）的同名畅销小说改编。单亲母亲格蕾丝（玛丽-路易斯•帕克 Mary-Louise Parker 饰）带着双胞胎儿子贾里德与西蒙（弗莱迪•海默尔 Freddie Highmore 饰）和大女儿马洛丽（莎拉•伯格 Sarah Bolger 饰）搬入斯派特维克祖居，竟碰到一系列怪事。贾里德在独自调查过程中发现了楼顶阁楼中伯祖母父亲阿瑟•斯派特维克（大卫•斯特雷泽恩 David Strathairn 饰）的精灵探索指南。尽管书表皮有一纸警告，贾里德还是阅读了指南，随后便看到了书中描述的精灵之一，棕精灵辛伯来泰克（马丁•肖特 配音）。辛伯来泰克警告贾里德不能把书拿到斯派特维克祖居保护圈外，以防恶灵莫格拉斯（尼克•诺特 Nick Nolte 饰）将指南据为己有，加害其他精灵。但莫格拉斯的手下已得知指南重见天日的事实，并错抓了西蒙。为了保护指南及家庭，三兄妹必须与莫格拉斯展开殊死搏斗……

在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重拾对马戏表演的信心。

影片讲述了一个小男孩维克多的爱狗Sparky被车撞死后，他十分伤心。在学校上课的时候，当老师做用电击青蛙的方法使其神经抽搐的实验时，他有了救活他的小狗的小狗的灵感。于是晚上，他引了天上的雷电电击小狗的尸体，使它复活。重生的小狗吓坏了男孩家的邻居们，他们视这只狗为怪物……邻居们追赶狗时将狗和男孩逼进一间小木屋，失手几乎烧死他们。但小狗却将男孩救出，自己死去。邻居和男孩的父母为之感动，决心再次救活它。他们用汽车发动机制造电能，又一次救活了这只狗…… 《科学怪狗》是根据伯顿1984年拍摄的一部同名短片改编的，影片灵感来自玛丽·雪莱的《科学怪人》（Frankenstein），不过相比《科学怪人》，这部影片的结尾要光明的多。早在上世纪80年代，当时还在迪士尼工作的波顿就有了《科学怪狗》的构思，但由于资金限制且波顿当时尚未有长片作品，最终令波顿决定将其拍摄制作成一部短片。事隔多年，已经是名导的波顿对此片念念不忘并最终提上议事日程。

此次第12季总共包含了怪钟疑案、三幕悲剧、万圣节前夜谋杀案等故事。