邪恶的混沌与狄庭联手制造出更厉害的融合蛮兽对付巨神战击队，谁料狄庭意外发现自己的身世竟是第五个战卫，更与大魔头吞天不共戴天。随着狄庭弃暗投明，全员集结的战击队解锁了机兽合体的新形态。但狡猾的混沌也不甘示弱，明里暗里使计，甚至策反战击队成员叛变。但巨神战击队团结一心度过难关，与混沌斗智斗勇。哪怕混沌吸收了地球的盘古之力变得强大，巨神战击队依然秉承“做不做得到，试过才知道”的信念，为了守护身边的人，与混沌对抗到底。

邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。