卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……

2000年美国加利福利亚，知名作家阿富汗人Amir(Khalid Abdalla 饰)接到一个电话，将他带回了童年的岁月…… 1978年阿富汗喀布尔，Amir（Zekiria Ebrahimi 饰）是富家少爷，仆人Ali的儿子Hassen（Elham Ehsas 饰）是他忠实的跟班与玩伴。二人参加了一场传统的斗风筝比赛，Amir经历了终身难忘的事情，两人的命运随之改变：Ali和Hassen离开了Amir家，音信全无；随着阿富汗战争的爆发，Amir和父亲移民到美国，过上了新的生活。 电话是父亲的老朋友Rahim（KhanShaun Toub 饰）打来的，希望Amir能够到阿富汗去找Hassen的儿子Sohrab (Ali Danish Bakhty Ari 饰)，等待Amir的，除了满目疮痍的家乡、不堪回首的往事，还有难以启齿的秘密。

用另一个角度，另一段历史，来怀缅9•11，来激励人们继续齐心向前。 就在世贸大厦和五角大楼遭到恐怖袭击的那个黑色日子，新闻报道了一场灾难——93航班被恐怖分子劫持，之后坠落在宾夕法尼亚洲，机上45人全部罹难。社会广泛猜测，航班上的恐怖分子本来打算把飞机用以袭击华盛顿。然而机上所有乘客和工作人员却一致抗敌，力挽狂澜，以自己的牺牲保住了更多人的性命。尽管有详尽的研究表明这次事故由恐怖分子自己操纵，人们还是把牺牲的乘客和机组人员看成国家和民族的英雄。

2003年，伊拉克战争爆发。萨达姆政府受到重创，大规模杀伤性武器（WMD）成为美国出兵伊拉克的有力借口。罗伊·米勒（马特·戴蒙 Matt Damon 饰）所率领的小分队奉命在伊拉克境内寻找WMD，然而无数次的搜寻皆无所获，这令米勒对线报的来源心生疑惑。某次行动中，他遇到当地的独腿男子法哈迪，从对方口中米勒得知一众伊拉克关键人物正在某地集会，行动中意外发现扑克牌通缉令上的艾尔·拉威（Yigal Naor 饰）也在其中，而艾尔·拉威似乎和美国政府有着错综复杂的关系。米勒不顾劝阻展开独立调查，发现所谓的WMD不过是包藏了无数丑恶真相的谎言而已……