小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物…… 为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。

大家知道彩虹是怎样产生的吗？传说，每当暴风雨过后，阳光再次洒向大地，洒在世界尽头那堆积如山的珠宝上，折射出五彩斑斓的七色光芒，射向天空，就形成了彩虹。 这次我们的小潜艇阿力、贝贝和他们的小伙伴波波，还有海马家族又出发了。他们将进行一次奇妙、惊险、刺激的寻宝之旅，向着世界尽头，那传说中的彩虹宝藏出发！ 贪婪的独眼鲨当然也想得到宝藏。他密谋要利用小潜艇们带他到达彩虹岛，然后独占宝藏。 寻宝的队伍在兴奋和期待中顺利启航。一路虽然风光无限，但狂风暴雨和危险时而相伴，更有独眼鲨阴谋一步步向他们逼进。有人想放弃，有人在坚持；有人默默努力，有人伺机破坏。 历经千辛，小伙伴们终于找到了宝藏，并且战胜了贪婪的独眼鲨。但是，此刻大家明白到，得到的宝藏换不来欢笑，更让他们明白贪婪财富还会带来灾难；而友谊、亲情就像彩虹一样绚丽多彩、耀眼夺目，这才是我们所需要的。

世界各地接连出现神秘海怪毁坏商船事件，引发恐慌，传言海洋面临 灾难。潜艇阿力决定集结伙伴追踪“海怪”，却发现“海怪”是 一 艘 以 “环保”为借口来开展邪恶计划的科技潜艇。为了解开这些 谜团，阿力和朋友们利用所学知识，开始了海底两万里的漫游探险。

　　故事讲述了章鱼保罗一家、潜艇阿力、贝贝以及海马家族一起与邪恶的独眼鲨，斗智斗勇，最终获胜的冒险故事，其间章鱼一家的各种奇遇不仅惊现、刺激，而且充满了温馨和感动。

在企鹅教授和海豹镇长的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人WUGU，通过了解阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助WUGU找到父母，阿力和朋友贝贝克服了重重阻碍，揭穿了企鹅教授的阴谋，成功送WUGU回了家。最终，海底生物和外星人成为了朋友，海洋世界再一次恢复了平静。