安妮和杰克的恋情并未走到最后，失落的安妮决意不再与特警恋爱，现任男友亚历克斯为爱情隐藏特警身份，但无奈还是暴露，于是携安妮前往加勒比海度假作为弥补。在他们的游轮上，潜藏着一名危险人物——设计轮船操作系统的工程师基格，基格身患绝症却遭到解雇，他为了报复公司掌控了轮船的自动航行系统，在船内装满炸弹，船长只得与乘客弃船，危机关头，亚历克斯挺身而出，与安妮返回船上救助被困的乘客

围绕蟹黄堡的神秘配方，痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势，但是却依然中了对方的诡计。关键时刻，配方凭空消失，直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一消息无异于晴天霹雳。小镇的宁静荡然无存，海底世界陷入末世般的混乱与动荡之中。由于搭救了痞老板，海绵宝宝被大家当作叛徒对待。危机时刻，海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空，并顺着蟹黄堡的香味来到了人头攒动的沙滩上。 在那里他们遇见了利用诡计偷走秘方的胡子海盗（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰），于是一场蟹黄堡的攻防战由此展开……

小精灵伯纳德（马丁·弗瑞曼 Martin Freeman 配音）是一位身份卑微的粪便清理员，做事神经大条，囧态嗅事不断，而他的梦想是成为大发明家。在今年的圣诞科技大赛上，他又搞砸了实验。恰巧正是这次小小的实验意外给精灵城引来了危机。大反派班尼（蒂姆·克里 Tim Curry 配音）侵袭精灵城，所有人都面临灭顶之灾。伯纳德在重重险境中误打误撞，却惊喜不断，发现自己是唯一可以拯救这场灾难的人，在甜心女特工雪妮（阿什丽·提斯代尔 Ashley Tisdale 配音）的鼓励下，他鼓起勇气誓要挽救一切……