在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重拾对马戏表演的信心。

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超级特工队不是天生的……他们是——孵出来的。一同来看看在这场全球特工行动中，老大（Skipper），科斯基（Kowalski），瑞哥（Rico）和菜鸟（Private）这几个再伟大又再搞笑不过的特工企鹅们到底藏了什么秘密。这些精英中的精英现在正和一个看上去很专业的特工组织“北风”合作。这个组织由高大帅气的特工领导（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 配音）。他们必须联手打败大坏蛋布莱恩博士（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音），阻止他毁灭世界！

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，大家对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都施展出各种招式，笑料百出。　

凶悍的百兽之王狮子亚利克斯，在这里却成了纽约中央公园中的娱乐名人，吸引了来自各地的游客在这里观赏游玩。不过，他在这里的生活却也丰富多彩，至少和几位好友的相处是其每天最兴奋的事情。斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚都是些性格开朗，能说会闹的好伙伴。 这几个家伙在这里过着好吃好喝，幸福自在的生活，对非洲故乡的怀念早已变成盘中的美食被消化殆尽了。因为，在这里，有整日充斥着耳阔的欢呼崇拜声，有吃不尽的美食佳肴，有舒适现代的生活环境，甚至在斑马马蒂过生日时，能吃上香甜的奶油蛋糕。 但有一天，马蒂的想法被几个偶然间出现在中央公园里的流浪企鹅所深深地改变了。马蒂的好奇心也在逐渐地膨胀中驱使着自己最终作出了寻找故乡、以及进行探险“新世界”的决定。“隆重”的生日过后，几个好朋友正在各自享受着这美好的生活带给他们的一切。然而，好友马蒂却在这个幸福的夜晚之后不翼的消失了。亚利克斯他们尽最大的努力欲寻回好友，然而，他们逃出中央公园的遭遇却不令人满意，第一次的失败过后，第二次的伟大尝试很快就到来了，而这一次，他们他们更是来到了开往遥远的非洲家园的轮船上。此时，四位好友再度团聚。但他们发现，他们脚下已经不再是繁华的纽约城了，而是遥远的马达加斯加岛