在旅行的少年风早神人被老相识格雷瓦丝·雪露麦斯叫到艾雷西亚精灵学院去，在路上，他不小心看到了该学院的学生克蕾儿·露裘入浴的场景，又不心跟她正准备与之签订契约的精灵定下了契约。精灵契约原本是“仅限冰清玉洁少女的特权”，但男主角风早神人却是一位男精灵使者。风早被强行要求进入艾雷西亚精灵学院，在那里因为某种机缘巧合，他参加了“精灵剑舞祭”。

恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？

小夜游神是七个常年夜间出没的小神仙。他们生活在神界，是负责巡夜的夜游神的小跟班。这天，在宁静的山洞里，酣睡中的他们被闹钟吵醒了，睡在最下面的小实习生像往常一样，被旁边的女汉子踢醒去关闹钟。迷糊中，实习生被一个胸牌反射出来的光斑吸引，激动地“抓着”光斑去跟小伙伴们炫耀。这一下，属于夜晚的小淘气们彻底醒了过来。

故事将舞台设在了2030年代的近未来，集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。某天，成员花崎健介遇到了神秘少年小林芳雄。由于一场意外变成“不死之身”的小林拒绝与他人接触，而花崎却邀请他加入少年侦探团。小林与花崎的相遇，终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，并推动两人的命运……