地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

这是一个靠足球决定胜负成败的世界。人声鼎沸的泽芽市运动场，一场精彩的足球赛事正在进行。葛叶纮汰（佐野岳饰）率领球队对抗驱纹戒斗（小林丰 饰）的巴隆队。双方为了获得“全骑士杯”使出浑身解数，各显神威。令人匪夷所思的是，本应该死去的角居裕也（崎本大海 饰）居然出现在了纮汰 的球队里。而凰莲（吉田贵哉饰）、城乃内秀保（松田凌 饰）、初濑亮二（白又敦 饰）、吴岛贵虎（久保田悠来 饰）、西德（波冈一喜 饰）、凑耀子（佃井皆美 饰）等人都在观众席里注视着这场比赛。他们有着共同的目标，每一个人都想获得“黄金果实”。一向被海姆冥界侵蚀的泽芽市为何突然一片祥和？纮汰为何总能碰见神秘少年拉皮斯，拉皮斯究竟是何人？足球比赛虽然仍在进行，但纮汰却倍感蹊跷。只不过，纮汰一时间也不知道是哪里出了问题。随着全骑士杯进入白热化，可怕的阴谋昭然若揭，假面骑士们将面临前所未有的灭绝危机。

铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。