- 邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套。
- 太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。
- 企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动。“克林贡”帝国将老化，经济及生态环境破坏殆尽，为求使它安稳，克林贡领袖向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林贡”人被暗杀，企业号船长寇克（威廉·夏特纳 饰）与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快缉拿真凶，免得船长无辜惨死。各国对此事均十分紧张，并作出最高戒备状态，战争的警号又再于银河系响起，并有随时爆发危机的可能......
- 寇克上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他好友斯波克无故身亡，而麦考伊亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克并透露了一个惊人的消息，原来麦考伊正窝藏冼的躯壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此矢志要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星封锁区，跟敌军展开殊死之战。
