一日，眼部受伤的女人突然出现在廉政公署总部，扬言要控告商业罪案调查科警司黄文彬（林家栋 饰）贪污，廉政公署执行处首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）与队员接手调查，在追查过程中，陆志廉发现事情并不简单，因为身为警司的黄文彬在执行职务时，不止没有阻止罪案发生，更利用职权参与犯罪。 正当调查渐渐有头绪时，重要证人一个一个被杀，包括罗德永（卢海鹏 饰），所有线索以及证据亦告失去，但有勇有谋的陆志廉并未放弃，随着神秘少女Angel（陈静 饰）的出现，他发现律师胡志勇（王敏德 饰）与“关怀基金”主席徐怀景（骆应钧 饰）有不可告人的秘密。 陆志廉今次将要面对一个庞大的贪污集团：当中包括了退休高官、警队高层、商界富豪、资深律师、会计师等，事件更牵涉到香港政府用作扶贫的150亿“关怀基金”……

马会的球赛博彩操盘手被独行杀手（周渝民 饰）杀害，目击证人竟是廉署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰），因为他正与另一调查主任王曼玲（蔡少芬 饰）调查幕后操盘手。重案组督察刘保强（张智霖 饰）随后介入案件调查，却与陆志廉心生嫌隙。根据线索，警方得知香港非法赌球幕后有一个大庄家叫华老师（卢海鹏 饰）；同一时间马会保安经理伦添源（林保怡 饰）被杀。杀手原来受聘于国际犯罪集团首脑，该首脑操控了欧洲的球赛赛果，跟香港的搭档合作从中获利，而他的搭档，正是马会的董事（石修 饰），正将继任马会主席。两支纪律部队由开始时的互不信任，到最后发展出默契，誓要将集团连根拔起……