身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

《假面骑士魂骑x剑锋》，是《假面骑士圣刃》与《假面骑士灵骑》的联动作品。本部作品讲述了“水之剑士“——假面骑士剑锋，与背负非凡命运的兄妹相遇后，发生的一系列故事。水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

在消灭108名恶路程式的三个月后，泊进之介 / 假面骑士驰骑与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令，而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。不过这时天空寺尊 / 假面骑士灵骑为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗，但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹，后来加上诗岛刚 / 假面骑士冥骑与深海诚 / 假面骑士魂骑，及进之介这时拿到冥骑驱动炎变身参战之下更混成一堆，此时朱里使用“不知火”让眼魔现身才打破这个乱局，四人继而合作将敌人击倒并夺回眼魂。