故事最早始于住在风和海的半神毛伊（道恩·强森 Dwayne Johnson 配音），他偷走了女神的特菲堤之心，导致岩浆魔鬼厄卡陷入疯狂的状态，南太平洋各小岛也面临着毁灭的威胁。一千多年后，某座小岛上的酋长女儿莫阿娜（奥丽依·卡拉瓦霍 Auli'i Cravalho 配音）在父母的呵护下渐渐长大，童年时她曾偶然捡到特菲堤之心，亦曾受到大海的召唤，然而父亲却严厉禁止莫阿娜出海，即使小岛正遭受着死亡的威胁。从奶奶那里，莫阿娜知晓了他们这一族人的历史，于是为了拯救小岛，她依然出海去寻找被困在某地的毛伊，好让他归还特菲堤之心。历经千辛万苦，莫阿娜终于见到了这个传说中的高傲自大的半神。而毛伊则担心特菲堤之心带来霉运拒绝前往。 只不过在命运的指引下，毛伊还是随着莫阿娜踏上未知的征途……

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。 纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。 J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。 为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。