在领袖之证结束时，擎天柱以死激活火种源使赛博坦有了产生新生命的力量。几年后领袖卫队各奔东西，大黄蜂成为了一名巡警，负责保卫工作。在一次巡逻中，他走到了领袖的雕像前，在水池里看到了擎天柱，擎天柱指引他去了地球，碰到了人类父子，展开了一场新的挑战。

汽车人跟霸天虎的战争已经结束了很久。擎天柱和汽车人忙于修复战后破损的太空桥。此时，发现了火种源。然而，收到火种源信号威震天攻击他们的太空飞船。他们的太空飞船在球地坠毁。火种源打碎了以后，很多火种源的碎片被散落到地球各个角落。在底特律，擎天柱和汽车人肩负着保护人类的重任，也肩负着在霸天虎之前找到所有的火种源片的重任，因为几个世纪以来汽车人能赢霸天虎，是因为他们让霸天虎得不到火种源。

为了拯救故乡母星，汽车人在宇宙中展开了搜寻。与此同时，邪恶的霸天虎却妄图利用星力之匙的力量称霸宇宙。随着四个隐藏着星力之匙的星球——极速星、猛兽星、地球、巨人星逐一被发现，汽车人与霸天虎之间的激战日趋白热化，各个星球上形态各异的变形金刚相继卷入。

在遥远的宇宙中有一个星球--Cybertron.星球上有一种金属生命体，他们在近百万年间分化成正义的博派--汽车人和邪恶的狂派--霸天虎。两军进行了几百万年的战争，星球能源耗尽霸天虎追随汽车人来到了地球。飞船坠毁在一座火山中。四百万年后，火山爆发飞船的主计算机——显像1号启动，并按飞机和汽车的形态改造两军。战争在地球上展开，到了2000年，汽车人与霸天虎展开血战。霸天虎在威震天的带领下袭击汽车人的飞船，铁皮，救护车，大汉，警车等相继被威震天杀死。霸天虎进攻汽车人基地。擎天柱率全体汽车人迎战霸天虎，擎天柱和威震天最终决战。由于热破的争强好胜擎天柱重伤战死，威震天重伤后被声波救回大火车，但被红蜘蛛扔出大火车。威震天在茫茫太空中飘荡，一个声音唤醒了它，这个声音就是——宇宙大帝，并被宇宙大帝改造强化为惊破天。惊破天杀死篡位的红蜘蛛，重新执掌霸天虎。擎天柱战死将矩阵（领导模块）交给通天晓，后通天晓被惊破天杀死抢走矩阵，热破在宇宙大帝体内打败惊破天抢回矩阵，并通过矩阵的帮助成为补天士。补天士继位领导汽车人。战争在全宇宙中展开。

 为了追寻能量块，威震天来到了地球，在北极，他受到磁场的强干扰，意外被封冻于冰层之下。借助不慎跌入冰谷的科学家，威震天将有关能量块的信息扫描到科学家的眼镜上。威震天被美国军方秘密转移到位于胡佛大坝地下的秘密基地，这个秘密只有历任国防部长组成的7人军事小组知道。 “霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，变形金刚的再次出现引起了现任国防部长的警觉，他组织一批年轻的电脑高手开始搜寻“霸天虎”的行踪。 与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特威基家族的那副眼镜，而它现在的拥有者萨姆由此成为了“霸天虎”攻击的目标。