巨大不明生物“祸威兽”不断地出现，已经成为日本习以为常的现象。这种生物通常兵器无力对抗，即将迎来极限的日本政府聚集了“祸威兽”专家，成立了“祸威兽特设对策室”通称“祸特对”。班长田村君男（西岛秀俊）、作战立案担当官神永新二（斋藤工）、非粒子物理学者滝明久（有冈大贵）、泛用生物学者船缘由美（早见明理)被选拔进入“祸特对”，执行任务。突然从大气外飞来的银色的巨人使危机加剧。为了处理银色巨人的问题，祸特对又新配置了分析官浅见弘子（长泽雅美）和神永携手处理。在浅见的报告书上这样写着——奥特曼（暂称），茫无头绪。

迪迦离开后的第8年，即2017年，主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时的飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了SUPER GUTS的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体“斯菲亚”，虽然他奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了继大古后的第二个光之巨人人间体。当飞鸟清醒过来时，他已经莫名其妙地成为了SUPER GUTS的队员了，是由美举荐了他。 在火星的一次战斗中，斯菲亚与岩石合体，变成了怪兽。飞鸟在和它的战斗时，身陷险境，此时他的身体发出闪亮的光。这时，他变成了新的光之巨人。巨人以压倒的优势击败了敌人。当飞鸟恢复回原来的样子时，他的脚边出现了神秘的变身器——里夫拉舍变身器。在之后，SUPER GUTS的女队员绿川麻衣给这个新奥特曼命名为“戴拿·奥特曼”，于是，新的光之巨人传说开始了。

在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会被破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。 　　2000年，天才少年高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。 　　在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。