林婉清于祭天大典上揭穿叶清歌的女儿身，叶清歌依计还位于谢清运，假死脱身，以谢家私生女身份获得重生，被指婚给了谢清运。大婚之日，苏域认出叶清歌，痛彻心扉，与叶清歌誓死不复相见。六年后，叶清歌之子瑞琪已然长大。皇帝病危，苏域与谢清运展开夺嫡之争。杨恭淑趁机捉走叶清歌和瑞琪，对瑞琪和小桃子加以折磨，以要挟清运交出遗诏。谢清运闯宫，说出瑞琪是苏域之子的真相，但一切都已覆水难收。瑞琪重病身亡，小桃子自缢而死，叶清歌因此伤心欲绝癫狂发疯，决心遗忘一切。苏域赎罪退位，带叶清歌远走天涯，过上了她从前所期盼的平凡生活。

时过境迁，莫愁女在时间的长河中穿行，她的真身一世接着一世轮回，虽然服饰和面貌有着改变，但是从古至今记忆却依然清晰。2017年，莫愁女这一世是一位历史系的女博士。几千年来，她一直不甘心，不甘心楚国会灭亡，屈原会投江。她期盼有一天能回到楚国，回到屈原的身边，改变着一切。所以莫愁女一直研习历史，拜读在历史学刘教授门下等待时机。当年在穿越之时，莫愁女来到一个虚拟空间，见到了自己的母亲大楚巫。大楚巫告诉莫愁女，自己已将所有的巫力凝聚在五行珠之中，当莫愁女和五行珠相遇时便能够穿越古今，她将拥有机会改变曾经的命运。

苏域与叶清歌被迫分离后，以假死之计拔除了她身边的暗桩，一对爱侣得以喜重逢，解开误会。谢清运无奈退出了三角关系，意外与小师妹赫连玖重逢。木大泱壮烈牺牲，叶清歌深受刺激，决心彻查军饷案。然而此时谢子兰却突然得知，叶清歌才是自己的亲生女儿，以死给了她最后的守护。正当叶清歌与苏域两情相悦之时，北褚太后杨恭淑出使大宣，当殿将苏域身世大白于天下，叶清歌遭遇到前所未有的巨大危机，深深误会了苏域。皇帝打算置叶清歌于死地，挑明谢清运才是真正的皇子。谢清运解围，谎称她已怀有龙嗣。为保孩儿，叶清歌与苏域再度反目劳燕分飞。

全剧描述自两千年以前，隐藏在地球与另一个星球之间的第一次碰撞后所留下的种种羁绊。十九世纪末至二十世纪初的旧上海则成为关乎这场争斗的关键地点。而拥有两个星球血统的巡捕莫非，则将面临来自亲情，爱情，友情的考研。最终在为拯救爱人，家庭，国家，世界做出牺牲，抽丝剥茧，与至亲共同努力追求幸福人生。本剧内容引经据典，本着参考借鉴传统文化，摒弃传统糟粕的理念，绝非宣扬鬼神之说。立足于传播主流正确价值理念，借以放大人性欲望为反面教材，由主人公破解谜题，最终达到向观众传达向善，求真，达美的价值观。通过塑造具有坚持不懈与追求科学科技理解的主人公，通过他们的经历，与观众一起探索真正的幸福，以及值得为之奋斗和追求。

盛浩然被莫小竹救回，莫小竹发现自己是指针，而丘洛也发现了，开始针对莫小竹。终于，在王悠悠的感动下，丘洛放弃了取走莫小竹身上的指针。然而就在此时，莫小竹发现盛浩然拿走了自己的父亲一年的时间维持生命。莫小竹认定父亲的死跟盛浩然脱不了关系，两人从爱人变成仇人。王悠悠意外地从一本书上发现了时间回溯的方法，莫小竹决定用此方法试试救回父亲。两人依法炮制，却引来了时间裂缝更大的动荡。几个人一起想办法弥补时间裂缝，却发现这一切竟是一场阴谋...