距离假面骑士圣刃与各位剑士携手战斗保护世界，已经过去了8年。世界一派祥和宁静，众人都找到了自己的归宿与梦想。主人公神山飞羽真收养了8年前突然出现在书店门口的孩子——小陆；伦太郎与芽依打打闹闹，关系亲密；贤人有了一份翻译的工作，并和女朋友结菜谈婚论嫁中。但最近怪事频发，不断有剑士消失，身边人也想不起来他们的身影，这一切都和无铭剑虚无有关。原来是剑士们曾经的战斗波及了许多无辜的人，所以伦太郎的父亲篠崎真二郎、贤人的未婚妻结菜、飞羽真的好友间宫陆，决定复仇，让剑士消失。他们篡改了人们的记忆，渐渐抹去剑士的痕迹。但直到最后才发现，一起相处的时光无比美好，足以消弭仇恨。最终大家的记忆恢复，众人放下了仇恨，迎接美好的未来。

破灭之书有着可以毁灭世界的力量。当世界被书的力量吸收时，一切将会完全化为虚无。书内还有着两条特殊的神兽。飞羽真最终将巴赫特击败，并封印回破灭之书。但一个神秘人拿走了破灭之书，带回了南区基地内。封印的破灭之书，被神秘的不死剑士解开了封印。黑暗从书中源源涌出，瞬间，现实世界与奇幻世界被吞噬于虚无之中，消灭殆尽。飞羽真，还有真理之剑的剑士们为了阻止世界被毁灭，与不死身剑士展开决战！世界迈向终结，飞羽真等人的命运又将如何？！

距离假面骑士圣刃与各位剑士携手战斗保护世界，已经过去了8年。世界一派祥和宁静，众人都找到了自己的归宿与梦想。主人公神山飞羽真收养了8年前突然出现在书店门口的孩子——小陆；伦太郎与芽依打打闹闹，关系亲密；贤人有了一份翻译的工作，并和女朋友结菜谈婚论嫁中。但最近怪事频发，不断有剑士消失，身边人也想不起来他们的身影，这一切都和无铭剑虚无有关。原来是剑士们曾经的战斗波及了许多无辜的人，所以伦太郎的父亲篠崎真二郎、贤人的未婚妻结菜、飞羽真的好友间宫陆，决定复仇，让剑士消失。他们篡改了人们的记忆，渐渐抹去剑士的痕迹。但直到最后才发现，一起相处的时光无比美好，足以消弭仇恨。最终大家的记忆恢复，众人放下了仇恨，迎接美好的未来。

破灭之书有着可以毁灭世界的力量。当世界被书的力量吸收时，一切将会完全化为虚无。书内还有着两条特殊的神兽。飞羽真最终将巴赫特击败，并封印回破灭之书。但一个神秘人拿走了破灭之书，带回了南区基地内。封印的破灭之书，被神秘的不死剑士解开了封印。黑暗从书中源源涌出，瞬间，现实世界与奇幻世界被吞噬于虚无之中，消灭殆尽。飞羽真，还有真理之剑的剑士们为了阻止世界被毁灭，与不死身剑士展开决战！世界迈向终结，飞羽真等人的命运又将如何？！

1971年时，邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验，将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐，于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后，将其流放至宇宙，龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界，发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控，为了拯救世界，他使用回旋加速驱动器来到了2021年，打算与自己的儿子秀夫合作，对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲，局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士，纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化，原谅了父亲龙之介，父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在，为了守护世界而战，迪亚波罗最终被消灭，龙之介与秀夫间也不再有隔阂。